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EIHealth平台。 获取作业模板 使用health get job -s命令获取启动分析作业的模板，复制并保存模板至本地，您可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 在本地编写模板，模板中的参数与在EIHealth平台启动作业过程一致。
aml示例文件。 使用命令行工具，执行health get job -s命令获取创建作业的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 修改作业yaml模板。 在本地编写模板，模板中的参数与在EIHealth平台创建作业过程一致。
分构成。 图1 流程设计器界面 表1 界面说明 区域 说明 工具栏 上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中，并进行编排创建。
流程ID，指定后获取流程ID对应的流程详情。不指定时，获取的是流程列表。 --param-file -p 否 参数文件保存路径，以yaml格式保存。如果没指定，则不会显示和保存参数信息。 命令示例 health nextflow get workflow 550e8400-e29b-41
"workflow" }, "database_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "database_name" : "demo-database" } ], "count" : 1 } 状态码
/app/src ONBUILD RUN echo "on build excuted" >> onbuild.txt 按键盘Esc键，并执行:wq保存退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t centos:v01 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考、《容器镜像服务
源路径，支持本项目和其他项目的路径。 当源路径为其他项目时，与EIHealth平台数据导入功能对应，即拷贝其他项目文件至本项目。 destdir 无 是 目的路径，只支持本项目路径。 --rename -e 否 重命名，复制文件时该参数可选。 --recursive -r 否 递归复制文件夹中所有文件和子文件夹，复制文件夹时该参数必选。
-s命令获取启动分析作业的模板。依据模板要求，将步骤3中获取到的NGS作业信息和workflow-id填充至模板中，修改好的配置文件示例请参见NGS配置文件示例。 请将该模板保存为.yaml格式至本地，并在本地完成模板修改。例如，命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业 运行分析作业时，流程中的每一个应用称
流程名称，流程版本等信息。 图6 新建流程 将fastqc应用拖拽至画布中，并添加输入参数，操作方法请参见方式2。 参数填写完成后，单击“保存”。并单击“新建作业”创建fastqc作业。 图7 新建作业 启动作业。 步骤5：获取分析结果 在“作业”列表中，可单击作业名称查看作业信息和输入输出数据。
openbabel Dockerfile中不可以指定CMD以及ENTRYPOINT，否则会覆盖基础镜像启动脚本，引起异常。 按键盘Esc键，并执行:wq保存退出Dockerfile。 执行docker build -t image:tag .命令，自动完成镜像制作。 命令中image为镜像名称，tag为镜像标签，名称可自定义。
连。 图7 gatk-mergevcfs、discvrseq-variantqc连线关系 搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮，保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
CANCELLED lmx-test-01 2021-02-01 11:11:27 lmx-database-01 data DATABASE_IMPORT xxx PROCESSING lmx-test-01 2021-02-01
是否必选 说明 retention-name 无 是 名称，支持message或者completed-jobs。 --number -n 否 保存条数，范围：10000-10000000。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和
/FastQC/fastqc # 将FastQC添加到环境变量中 ENV PATH "/FastQC:$PATH" 按键盘Esc键，并执行:wq保存退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t fastqc:v0.11.5 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。
les")) os.getcwd() 加载GenomeAgent，见example.ipynb教程代码框。 # 如果有需要，可以将以上配置保存为 YAML 文件 # import yaml # with open('./case1.1/config.yaml', 'w') as outfile:
ini配置文件，用于存储任务执行所涉及到的配置，如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改，如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息，为了避免密钥泄露，会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
应用场景 靶点发现 在靶点发现阶段，提供蛋白质结构预测、靶点口袋发现功能。 苗头化合物发现 在苗头化合物发现阶段，提供分子对接、口袋分子设计，分子属性预测功能，在分子对接中，预置了大量的分子库可供选择。 先导化合物优化 在先导化合物优化阶段，提供分子优化、靶点口袋分子设计（骨架跃
最大长度：32768 响应参数 状态码： 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 job_retain_number Integer 作业保存条数 请求示例 获取作业清理配置 /v1/{project_id}/system/job-config 响应示例 状态码： 200 OK {
递归上传文件夹中所有的文件和子文件夹，上传文件夹时必选。 --force -f 否 强制操作，不进行询问提示，上传文件夹时可选。 --flat -l 否 上传文件夹时，只上传该文件夹下的所有内容，上传文件夹时可选。 --update -u 否 增量上传操作，设置该参数后上传每个文件时会比对平台数据路径中的文件，仅在以下情况时上传数据：
/configure --prefix=/usr/local/samtools && make && make install 按Esc键，并执行:wq保存并退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10 . 制作gatk-haplotypecaller镜像
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