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FPGA基因测序加速服务介绍
测序数据与参考基因组比对 支持BWA比对软件的FPGA异构加速,显著提升BWA计算效率,大大缩短数据比对时间。经测试30x人重测序数据(90GB)比对耗时从常规的20小时下降到2.5小时以内,且比对准确度完全一致。 单个样本Germline遗传变异检测 支持GATK v3.8和GATK v4
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优点:读取时,只读取对应分区的一个数据文件即可,较为高效。 缺点:数据写入的时候,需要复制一个先前的副本再在其基础上生成新的数据文件,这个过程比较耗时。且由于耗时,读请求读取到的数据相对就会滞后。 2、Merge On Read 读时合并表也简称mor表,使用列格式parquet和行格式Avr
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