云容器引擎 CCE

 

云容器引擎(Cloud Container Engine)提供高可靠高性能的企业级容器应用管理服务,支持Kubernetes社区原生应用和工具,简化云上自动化容器运行环境搭建

 
 

    gcs基因容器 内容精选 换一换
  • 华大基因0

    应对大规模的,波动的计算任务,公有云灵活性的特点非常有优势 使用的 华为云产品 服务 基因容器G CS 服务 基因容器(GeneContainer Service,GCS)提供云端基因解决方案,支持DNA、RNA等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术,结合大数据、深度学习算法,优化官方标准算法,

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  • 参考基因组

    参考基因组 基因参考组由正常和病理条件下非正常的分子表达所组成。基因容器提供主流基因参考组,作为基因分析参考。 登录GCS控制台,左侧导航栏中选择“参考基因组”。 图1 参考基因组页面 在右侧页面单击“查看”,可查看基因参考组的详细情况。 图2 基因参考组详情 单击“下载”,可下

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  • gcs基因容器 相关内容
  • 单一步骤(一个并发)

    首先以执行单一命令为例。以 gcs sub job 为例,我们使用: gcs sub job --cpu 0.5 --memory 1g --tool bwa:0.7.12 --shell sh bwa_help.sh 生成GCS流程示例 该命令将会生成以下模板,并提交基因容器语法解析器: 1

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  • gcs obs upload

    上传文件到环境关联的obs桶中。gcs obs upload FILENAME [params]upload可以简写为up,即:gcs obs up FILENAME [params]上传后未发现文件,请在数据存储中,确认是否使用了正确的桶。不支持本地文件夹上传上传文件到 OBS 桶:示例执行结果:OBS 中显示上传文件:

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  • gcs基因容器 更多内容
  • gcs set env

    使用示例 设置默认环境为“gcs-env-gcsdebug” gcs set env gcs-env-gcsdebug 示例执行结果: current environment is gcs-env-gcsdebug please set sfs-pvc-name for environment

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  • gcs config add

    初始化命令行工具,在使用其它命令前,必需先执行本命令初始化命令行工具。该命令执行后,将生成命令行工具配置文件,路径为 ~/.gcs/config.ini ,用于存储配置信息。配置文件的详细说明请参见config.ini配置说明。若要修改配置文件,同样可以使用本命令,增加特定字段,指定任务执行时使用的存储、计算资源。执行本命令时,若~/.g

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  • gcs del execution

    查看任务信息。gcs del execution EXECUTIONID1 [EXECUTIONID2,EXECUTIONID3...]execution可以简写为exec,即:gcs del exec EXECUTIONID1 [EXECUTIONID2,EXECUTIONID3...]由于删除动作是异步的,所以删除完成后,gcs

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  • gcs set execution

    设置指定execution状态启停。gcs set executionexecutionId [params]execution可以简写为exec,即:gcs set execexecutionId [params]

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  • gcs get enviroment

    获取当前用户下所有计算环境信息列表。gcs get environment [environmentID]environment可以简写为env,即gcs get env [environmentID]集群资源不足,可以去云容器引擎(https://console.huaweicloud.com/cce2.0/)中,为集群添加更多、更

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  • gcs get wdl

    查询提交的wdl流程执行结果。gcs get wdl ID [flags]查询单个执行结果详细信息。gcs get wdl aa215e0b-c896-4138-865e-6cf7921246b6返回内容如下。{ "execution": { "project_id": "", "domain_i

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  • gcs get tool

    获取所有tool、指定tool或者名称符合条件的tool的信息。gcs get tool TOOLID [params]获取所有模板信息。gcs get tool { "tools": [ { "tool": [ { "guid": "04e20b56-962d-24d8-0eb

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  • gcs sub job

    提交单个 shell 脚本,作为 job 在后台执行。gcs sub jobFILENAME [params]job可以简写为jb,即:gcs sub jbFILENAME [params]提交 bwa-help.sh,查看 bwa 软件版本,将结果重定向到 /obs/log.err 文件中。示例执行后,在OBS 桶中,log.err

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  • unable to import 'smart_open.gcs', disabling that module

    本文介绍了【unable to import 'smart_open.gcs', disabling that module】相关内容,与您搜索的gcs基因容器相关,助力开发者获取技术信息和云计算技术生态圈动态...请点击查阅更多详情。

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  • 数据管理

    公共数据中存放的是GCS提供的参考组数据,供您查看和使用。 私有数据中存放的是分析前后产生的数据。在“私有数据”页面您可以上传原始基因数据、查看流程执行的中间数据及执行结果数据。 数据上传 开始基因测试前,请先将用于分析的原始数据上传到已创建好的OBS桶里。 登录GCS控制台,选择左侧导航栏的“ 数据管理 >私有数据”。

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  • 分析流程

    程。 登录GCS控制台,左侧导航栏中选择“基因分析>自定义流程”,在右侧页面中选择“GCS流程”或“WDL流程”,单击“创建流程”。 创建流程有两种方式: 上传本地流程模板 流程模板是一种遵循GCS流程或WDL流程描述语法规范的文本文件,用于控制流程的详细步骤。基因容器的流程模板的编写请参见流程语法参考。

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  • 使用命令行工具执行测序

    下载并配置GCS命令行工具,方法请参见安装命令行工具。 使用命令行工具查询环境。 执行./gcs get environment 查看当前账号下可用的环境列表: 设置环境。 执行./gcs set env设置后续测序使用的环境: ./gcs set env gcs-env-cc

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  • 单一步骤(一个并发)

    首先以执行单一命令为例。以 gcs sub job 为例,我们使用: gcs sub job --cpu 1 --memory 1g --tool bwa:0.7.12 --shell sh bwa_help.sh 生成GCS流程示例 该命令将会生成以下模板,并提交基因容器语法解析器: 1

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  • 这件“小棉袄”,真心不简单

    本文介绍了【这件“小棉袄”,真心不简单】相关内容,与您搜索的gcs基因容器相关,助力开发者获取技术信息和云计算技术生态圈动态...请点击查阅更多详情。

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  • gcs sub wdl

    提交单个WDL流程到Cromwell引擎。gcs sub wdl FILENAME  [flags]提交wdl流程。回显内容如下。

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  • gcs config list

    gcs config list显示初始化命令行工具结果,命令执行结果中的参数说明请参见config.ini配置说明。gcs config list无查看配置文件内容:示例执行结果:

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  • gcs set sfs

    设置环境默认使用的sfs pvc。gcs set sfssfsPvcName

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