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什么是GATK?
gatk.jar”文件。 4.运行和验证 测试GATK是否安装完成。 java-jar build/lib/gatk.jar--version 返回内容如下所示,表示安装已经完成。 [root ecs gatk]#java-jar build/lib/gatk.jar--version
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VarScan2如何配置
运行和验证 查看jar包执行参数。 cd varscan java-jar VarScan.v2.4.1.jar 出现类似如下回显表示VarScan2可正常使用。 VarScan v2.4 ***NON-COMMERCLAL VERSION*** USAGE:java-jar VarScan
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SnpEff如何配置
1)下载数据。 cd snpEff java-jar snpEff.jar download GRCh38.86 执行完毕后会在当前目录下生成一个“data/GRCh38.86”目录。 2)进行注释。 java-Xmx4G-jar snpEff.jar GRCh38.86 examples/test
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