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0，已将有缺口的比对序列也考虑在内了。BLAST可处理任何数量的序列，包括蛋白序列和核算序列；也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的，即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合，既可以是核酸序列到蛋白库中作查询，也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询，反之亦然。
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