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删除指定作业 功能描述 删除指定作业 命令结构 health nextflow delete job ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 作业id 命令示例 health nextflow delete job f17a3542-3f7c-1
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
数据库追加文件 功能介绍 数据库追加文件。 URI PUT /v1/{project_id}/drug/databases/{database_id}/data 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
删除数据库 功能介绍 删除数据库。 URI DELETE /v1/{project_id}/drug/databases/{database_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
获取基模型列表 功能介绍 获取基模型列表。 URI GET /v1/{project_id}/base-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 表2
创建数据库模板 创建数据库模板 创建数据库前,请先在“数据库 > 模板”页签创建数据库模板,模板中数据库表列的数目为固定,行数可按需设置,不同列之间,可通过列信息进行识别。列信息包含列名、描述、类型、允许为空、是否主键、是否可查询、是否唯一、提示和操作信息。单击添加列可新增一列,
作业执行失败排查思路 作业执行失败,有如下场景: 场景1:作业投递后处于运行中,运行过程正常,但是最后超时失败。 场景2:作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 场景3:作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。
附录 状态码 错误码(医疗智能体与盘古辅助制药平台) 错误码(AI辅助药物设计) 获取项目ID 配置OBS访问权限
values: - '/output' 获取镜像地址 对于已上传或平台上已有的镜像,您可以参考以下步骤拼接镜像地址。 登录医疗智能体平台,进入镜像所在的项目。 在页面上方单击“镜像”,进入镜像管理页面。 单击镜像名称,进入镜像详情页。在该页面查看“源项目”、“镜像名称
受体预处理 功能介绍 受体预处理,用于前端显示预处理后的受体。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/preprocess 表1 路径参数 参数
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析,如果有多个受体蛋白则只处理第一个,如果一个受体蛋白里结合了多个配体,则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/info
受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋,检测类型基于配体,基于氨基酸残基,自动检测,自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
使用Docking Summary流程 分子对接(molecular docking )是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药
个人资源配额 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在页面最下方可以查看个人资源配额。 图1 个人资源配额 个人资源配额设置方法 登录系统管理员账号,在平台右上角用户名中选择“用户管理”,进入用户管理页面。在用户名最右侧的操作列,单击“配额设置”。 图2 配额设置 在“配额设置”
数据归档配置 设置平台数据归档的区域。 在账号下面选择“系统设置”。 图1 选择系统设置 进入系统设置页面,设置数据归档配置区域。 图2 配置数据归档区域 父主题: 系统设置
作业消息设置 设置作业保留条数 您可以在系统设置中设置作业最多保留条数。超过设置的数值后,系统将自动清除。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置作业的最多保留条数。已完成作业保留数量最少1万条,最多1000万条,默认设置为500万条。已有作业条数表示系统所有用户的作业总条数。
ess可以通过配置文件快速的定制并行执行的样本数目,大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。 医疗智能体(EIHealth)平台集成了Nextflow框架,支持用户直接在医疗智能体(EIHealth)平台安装Nextflow。 父主题: Nextflow
查询分子生成作业详情 功能介绍 查询分子生成作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/generation/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
查询分子对接作业详情 功能介绍 查询分子对接作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
查询分子搜索作业详情 功能介绍 查询分子搜索作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述