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除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程文件后的“下载”,可下载该流程文件。 下载流程参数
单击“新建”,在新建作业页面选择对应的模块。 图1 新建作业 单击“确定”,在对应的模块页面配置详细信息,具体请参考功能模块。 克隆作业 克隆已有的作业,作业的参数及流程一并克隆到新作业中。 在“作业中心”页面,单击作业操作列的“克隆”。 在作业详情页面修改对应的参数信息。 参数确认无误后,单击“提交”按钮。
引用外部桶时,需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后,可在作业中心单击该作业查看输出结果,输出结果缩略图。 图2 查看运行结果(1) 单击查看路径,查看输出结果详情。 可以单击左上角“下载”,下载当前的输出结果。 下载操作将会产生流量费用,具体可参考计费说明。
计算资源说明 每个作业的运行依托的是后面的计算资源,所以需要管理员账号(主账号)提前购买计算资源。 若平台无计算资源,则投递的作业会出现等待情况,直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称,会出现账号的相关操作,包括系统资源,系统配置等。注意这里只有管理员
分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
创建项目 新用户进入平台后需要自己创建项目,单击“创建项目”按钮,填写项目名称以及选择对应的数据保护策略,数据保护策略参考下面配置。 图1 创建项目 单击项目名称可进入到对应的项目中。 图2 进入项目
如何将生物信息学软件封装为镜像并上传? 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以
--description -d 否 流程的详细描述信息。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用本地已填写好的流程模板workflow
app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description -d 否 应用的详细描述信息。
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 无 请求示例
助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 EIHealth平台用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。详细介绍请参见用户管理。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
vendor-config [flags] # 其中vendor-config可简写为vc 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get vendor-config # 执行成功返回结果如下 the
在创建Notebook时,如果“存储配置”选择的是“OBS”。Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作,即Notebook中的数据和OBS中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据,会同步到Notebook中,Notebook中的操作也会同步到OBS中,如图2所示。
单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。 参数确认无误后,单击“立即创建”,完成Notebook的创建操作。 在Noteboo
-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。 执行health --help查询支持的操作命令。Linux系统下,需添加
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。 获取作业模板
images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 单击“镜像”,在镜像列表中查看已上传的镜像。 图1 镜像列表 【可选】单击“镜像类型”,对上传的镜像进行分类。 上传镜像时如果上传命令中未指定镜像类型,新上传的镜像默认显示为“OTHER”,您
EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在