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作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中,以列表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用,并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间,可以对名
在“工具”页面选择“流程”或“应用”。 选择需要发布的流程,单击“操作”列“更多”>“下载”。 图1 下载应用 下载内容不包含应用和流程的id,所有引用关系通过名称和版本来指定。 父主题: 工具管理
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
ockerhub官网进行查询。 查看镜像是否pull成功。 用docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像,防止查询出全部镜像,可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准。 查询fastqc软件命令。非常熟悉fastqc软件则可跳过此步骤。
理员”。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。 导入的用户,不支持删除,只支持移除,移除后不影响该用户操作其他服务。 图2 查看导入用户 医疗平台用户会在IAM中赋予以下细粒度权限,若该用户加入的其他IAM用户组有对
参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768
源配额。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。 导入的用户,不支持删除,只支持移除,移除后不影响该用户操作其他服务。 图3 查看导入用户 医疗平台用户会在IAM中赋予以下细粒度权限,若该用户加入的其他IAM用户组有对
使用NGS的详细步骤如下所示: 步骤1:订阅流程 步骤2:上传待分析数据 步骤3:创建分析作业 步骤4:查看执行结果 步骤1:订阅流程 使用NGS流程前,需要您在资产市场中订阅该流程。 在“资产市场”中查找“Variant Calling Based On NGS”流程。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。
载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据拷贝、数据删除、数据下载、数据归档、恢复数据等操作均为系统的异步任务,您可以在“消息中心”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“作业 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类型
参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768
单击配体列表的可以收藏结果,收藏后可直接在收藏夹页查看。 图14 查看3D图 在查看3D的页面中,单击右侧的配体列表中,每个配体卡片右上角的,可以查看 查看详情:可以查看每个分子的属性信息,score和similarity。 查看属性:查看每个配体的分子属性。 查看2D相互作用图:查看配体中分子之间的2D相互作用图,并且可以进行图片下载。
参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768
参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768
参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768
消息状态是否已读,true返回已读,false返回未读,不填返回全部 limit 否 Integer 查询条数 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 offset 否 Integer 查询偏移量 最小值:0 最大值:100000000 缺省值:0 请求参数 表3 请求Header参数
EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板灵活的定义数据结构,描
单击右上方的筛选,可以进行属性和相互作用力筛选。 图3 高级筛选 单击每个分子卡片右上方的,可以选择“查看详情”、“查看3D”、“下游分析”、“下载3D”。 查看详情:单击查看详情,跳转至分子详情页进行查看。 查看3D:查看分子的3D视图。 下游分析:靶点口袋分子设计对应的下游分析为分子优化、自由能微扰
形式展示了项目中的镜像。您可查看镜像的详细信息,执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将Cell Ranger软件封装为镜像,并上传至EIHealth平台。通过应用把镜像引入,利用应用搭建分析流程,执行分析作业。
步骤4:查看与执行操作命令 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。
中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中,并进行编排创建。 可以将流程放置到画布中进行编排修改。 可通过“概览”展示流程的结构图。 可通过界面右下角快速定位按钮使流程显示在画布中央。 可通过界面右下角规整排列按钮使流程连线排布整齐。 父主题: 工具管理