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该参数用于获取任务实例事件列表。不带该参数,默认输出任务实例详情(默认json格式)。 --file-path -p 否 获取任务实例详情时,设置任务实例详情下载路径。 --yaml -y 否 获取任务实例详情时,以yaml格式输出任务实例详情(默认json格式)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
Code下拉框中有四个选项: Code:写Python代码 MarkDown:写MarkDown代码,通常用于注释 Raw NBConvert:转换工具 Heading:快捷添加MarkDown标题 4 代码Cell 代码单元格。每一个Cell有两种模式:命令模式和编辑模式。 最左侧为
进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华东-上海一”。 图1 切换区域 在API栏选择需要使用的服务,单击操作列的“开通服务”。 服务开通成功后,开通状态为“已开通”。 “开通服务”按钮置灰,说明您尚未认证,请先实名认证。 开通医学影像API 进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华南-广州”。
导出多个job-id时,用分号(;)隔开。 格式:id1;id2;id3。 --file -f 否 要导出的id列表文件,使用job-id文件导出作业时必选。 job-id-file 无 否 要导出的id列表的文件位置。 文件内容格式:{"ids":"id1;id2;id3"}。
Long 预计结束时间,毫秒。 表6 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
Long 预计结束时间,毫秒。 表6 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
最大长度:10240 表5 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
最大长度:10240 表5 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
请将该模板保存为.yaml格式至本地,并在本地完成模板修改。例如,命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业 运行分析作业时,流程中的每一个应用称之为一个任务(Task),通过循环读取Task的输入数据,可以实现作业的批量执行。 例如,您可以在本地创建.bat格式的批处理文件,执行该脚本即可批量运行NGS分析作业。
app -s命令获取创建应用的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 修改应用yaml模板。 在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台新建应用过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见应用配置文件说明。
0::gwj-test-01' # 应用id,取值范围[1,135],正则先不能有中文,两种格式。特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景;
ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
Long 预计结束时间,毫秒。 表6 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
D:\local\test.txt /src/ --update -r 列举路径中的对象时,需使用/xxx/格式,如示例中的/src/。 列举本地路径中的文件夹对象时,需要使用“路径/文件名”或“路径\文件名”格式。请依据操作系统的路径规范使用,如示例中的D:\local。 如果路径中带有特殊字符比如
配模式后才会执行该匹配模式。 使用“time1-time2”,代表匹配的时间段,其中time1必须小于等于time2,格式为yyyyMMddHHmmss。时间格式支持自动补全,例如yyyyMMdd等价于yyyyMMdd000000,yyyyMM等价于yyyyMM01000000。
在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数:合成路径规划的路径数量。路径数量增加,将展示更多的合理合成路径;路径数量减少,可能会有部分合理路径未展示。默认值50,取值范围1-50。
运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。
日志路径,不填写时默认为命令行工具当前路径下healthcli.log文件。 路径设置格式: Windows系统为“路径\文件名”。 Linux系统格式为“路径/文件名”。 --http-proxy -p 否 HTTP代理配置,格式为“http://username:password@your-proxy:your-port”。
创建数据库 导入数据 数据库创建好以后,您可以参照数据库模板格式,将已有的数据进行导入。 单击数据库右上角“导入数据”。 图3 选择导入数据 选择需要导入的数据文件。 请选择*.csv , *.txt, *.vcf格式文件,当前仅支持utf-8编码。 导入数据列与模板保持一致,无需考虑自动作业新建的作业状态更新列。
靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类,实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。 是否平衡电荷