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图解医疗智能体 AI药物研究 AI基因组研究
AI药物研究 父主题： 图解医疗智能体
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 虚拟药物筛选简介 获取示例数据 创建虚拟药物筛选任务
管理员（购买平台的账户）登录时，user-name和domain-name一致。 --password -w 是 密码。 --ak -a 是 AK(Access Key ID)：访问密钥ID。
如果执行NGS批量任务时需要变更不同的原始数据、参考基因序列、测序平台、文件前缀等，请参考上述批处理文件示例，将需要变更的数据补充完整。
bwa-mem 输入参数 fq-file1 file 测序得到的fastq1文件。 fa-file2 file 测序得到的fastq2文件。 ref-file file 参考基因组序列。 seq-platform string 测序平台，如MGI、Illumina。
获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时，平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像，依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像，您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。
您还可以通过这个视频教程了解如何构造请求调用API：https://bbs.huaweicloud.com/videos/102987 。 请求URI 请求URI由如下部分组成。 {URI-scheme} :// {Endpoint} / {resource-path} ?
在平台侧需要解绑并重新绑定。 CSS资源到期。 在云搜索服务的集群管理列表页，找到需要续订的计费模式为“包年/包月”的集群。 单击操作列的“更多 > 续费”，确定后进入续费页面。 选择续费时长，并支付费用，完成续费。 父主题： 盘古辅助药物
清理本地记录的上传文件 上传对象时，支持断点续传功能，本地因此可能会残留上传异常产生的文件，可以使用该命令对异常文件进行清理。
当流程发布成功后，可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的流程。 已发布的流程不能直接编辑和删除，需下线后才能编辑和删除。 发布中的流程可以取消，取消后状态为发布失败。 已发布的流程可以订阅和下线。 同一个发布者可以发布同名称，同类型的流程。若版本不同，则合并。
为什么下载的部分靶点文件，显示不完整 由于molstar插件自身问题，部分靶点文件中存在REMARK行，会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示： 分子优化靶点设置界面，受体展示正常。
单击“分子对接”功能卡片，进入分子对接受体预处理页面，单击上传受体文件，进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式，若文件中存在多个受体，默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件，最多支持输入20个受体文件，文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。
移动文件夹 示例1：将tmp文件夹中的所有文件移动至t1文件夹下，命令中tmp文件夹结尾需要加“/”，t1文件夹结尾无需加“/”。
在配置页面，选择靶点文件、探针文件，配置相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件。 探针文件：探针分子建议原子数不超过400，分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率，但无法保证一定成功。支持SDF、MOL2、PDB格式文件。若文件中含有多个配体，默认只处理第一个。
配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件，文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体，默认只处理第一个。 靶点预处理： 去配体：提交任务时系统会自动删除配体。 是否平衡电荷：是否加入离子，使体系电荷守恒，默认是平衡电荷。
--file -f 否 要导出的id列表文件，使用job-id文件导出作业时必选。 job-id-file 无 否 要导出的id列表的文件位置。 文件内容格式：{"ids":"id1;id2;id3"}。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白质和配体小分子文件里面的小分子进行一一对接。 超时时间 根据受体配体对个数进行调整，一个受体配体对对接大约需要25s。 图2 运行信息 单击“提交”，运行作业。
修改权限 修改目录、文件权限。 命令结构 health chattri [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --path -p 附加参数，可选。 修改权限的目录或文件绝对路径。 --delete-policy -d 附加参数，可选。
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