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计算机系统连接在一起,利用所有被连接系统的综合计算能力来处理大型计算问题,所以又通常被称为高性能计算集群。 HPC的业务特点 科学研究、气象预报、仿真实验、生物制药、基因测序、图像处理等行业都涉及高性能计算集群来解决大型计算问题,管理节点对计算任务进行分解,交给不同的计算节点完成计算。
安装和使用IB驱动自带的Open MPI 操作场景 该任务指导用户在鲲鹏BMS集群上运行IB驱动自带的MPI应用(以版本4.0.2a1为例)。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 集群中所有的BMS,均已安装IB驱动自带的OpenMPI。 操作步骤 关闭防火墙。 登录集群中任意一台BMS。
在HPC集群上运行IB驱动自带的OpenMPI 操作场景 该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行IB驱动自带的MPI应用(3.0.0rc6版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使
安装和使用MPI 弹性云服务器场景支持使用的MPI IB驱动自带的OpenMPI 社区OpenMPI Spectrum MPI Intel MPI Platform MPI 父主题: 弹性云服务器场景典型应用
在弹性云服务器列表页,选择待制作镜像的云服务器,确认云服务器为“关机”状态。 如果云服务器为“开机”状态,您可通过单击“操作”列下的“更多 > 关机”将云服务器关机。 单击“操作”列下的“更多 > 制作镜像”,将弹性云服务器制作为私有镜像。 根据界面提示,填写镜像的基本信息。 源:云服务器 弹性云服务器:保持系统默认值
操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录集群中任意一台ECS。 执行以下命令,防止系统超时退出。 # TMOUT=0 将ECS对应的密钥文件(.pem文件,假设为*.pem)拷贝至.ssh目录下,命名为“id_rsa”。 $ cd ~/.ssh $ mv *.pem id_rsa
本节指导用户安装和使用社区OpenMPI(以3.1.1版本的OpenMPI为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装HPC-X工具套件。 下载需要的HPC-X工具套件以及OpenMPI。 使用社区OpenMPI时,需要同时使用Mellanox的HPC-X 套件,HPC-X 的下载需要参考弹性云服
ECS。 执行以下命令,防止系统超时退出。 # TMOUT=0 执行以下命令,添加集群中所有主机的私网IP地址和主机名。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有ECS的私网IP地址和主机名,例如: 192.168.0.1 ecs-ff-0001 192.168.0
01.04.03r-ce为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装Platform MPI。 执行以下命令,安装需要的库文件。 # yum install glibc.i686 libgcc-4.8.5-11.el7.i686 增加执行权限,例如安装包所在路径为/root。
操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,防止系统超时退出。 # TMOUT=0 将BMS对应的密钥文件(.pem文件)拷贝至.ssh目录下,命名为“id_rsa”。 $ cd ~/.ssh $ mv *.pem id_rsa 执行以下命令,给密钥文件配置权限。
此时,pbs作业回到queued状态,等待可用的计算资源。 开机2中关闭的计算节点,提供可用的计算资源。 此时,pbs作业会继续进行。 作业执行完成后,执行以下命令,查看作业信息。 qstat -f 作业ID 如图5所示,作业运行了3分03秒。由此可以看出,作业是从断点的位置进行续算的。 图5 中断后运行作业信息
3eval_170901-rh7_Apr11.x86_64.rpm 下载需要的HPC-X工具套件。 IBM MPI在EDR SR-IOV场景下的运行需要HPC-X提供的MXM库的支持,HPC-X 的下载需要参考弹性云服务器操作系统的版本以及IB驱动版本,例如,下载的HPC-X版本为:hpcx-v2.0.0-gcc-MLNX_OFED_LINUX-4
基于STAR-CCM+部署HPC集群 方案概述 资源和成本规划 STAR-CCM+部署HPC集群流程图 实施步骤 附录 父主题: 弹性云服务器场景最佳实践
计算密集型、海量数据处理等业务的计算需求,如科学研究、气象预报、计算模拟、军事研究、CAD/CAE、生物制药、基因测序、图像处理等,缩短需要的大量计算时间,提高计算精度。 方案架构 方案优势 降低TCO 可以按需租用,成本低,降低中小客户使用HPC的门槛。 提高效率 按需发放,快
附录 常见问题 主要概念 父主题: 基于STAR-CCM+部署HPC集群
在HPC集群上运行MPI应用 在HPC集群上运行IB驱动自带的OpenMPI 在HPC集群上运行社区OpenMPI 在HPC集群上运行Spectrum MPI 在HPC集群上运行Intel MPI 在HPC集群上运行Platform MPI 父主题: 弹性云服务器场景典型应用
实施步骤 创建HPC私有镜像 创建弹性云服务器 配置节点互信 创建SFS Turbo 挂载共享目录 通讯录安装 MPI安装 STAR-CCM+安装与运行 父主题: 基于STAR-CCM+部署HPC集群
安装和使用MPI(X86 BMS场景) 该任务指导以CentOS7.3的OS为例在单节点上运行MPI应用。 裸金属服务器场景支持使用的MPI 安装和使用IB驱动自带的Open MPI 安装和使用社区OpenMPI 安装和使用Spectrum MPI 安装和使用Intel MPI 安装和使用Platform
主要概念 RDMA RoCE 父主题: 附录
本,v1和v2。其中RoCE v1是一种链路层协议,允许在同一个广播域下的任意两台主机直接访问。而RoCE v2是一种Internet层协议,即可以实现路由功能。虽然RoCE协议这些好处都是基于融合以太网的特性,但是RoCE协议也可以使用在传统以太网网络或者非融合以太网络中。 应用场景