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工具管理简介 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。
数据管理 数据归档 数据管理 数据作业管理 OBS桶管理 父主题: API(医疗智能体平台)
虚拟药物筛选 创建study 删除study 列举study所有作业 创建study作业 列举study 获取study作业的最值信息 获取生成study作业3D结构的内容 父主题: 项目管理
在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台新建应用过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见应用配置文件说明。
查看数据作业 数据拷贝、数据删除、数据下载、数据归档、恢复数据等操作均为系统的异步任务,您可以在“消息中心”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“作业 > 数据作业”中查看任务的执行信息。
最小值:1 最大值:100 job_timeout 是 Integer 作业执行超时时长,单位天 最小值:1 最大值:60 cpu_quota 是 Integer 作业的CPU资源配额,单位核 最小值:1 最大值:1024 mem_quota 是 Integer 作业的内存资源配额
图4 参数信息 对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。 例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值。
项目成员和权限 医疗智能体以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。
最小值:1 最大值:100 job_timeout 是 Integer 作业执行超时时长,单位天 最小值:1 最大值:60 cpu_quota 是 Integer 作业的CPU资源配额,单位核 最小值:1 最大值:1024 mem_quota 是 Integer 作业的内存资源配额
配额管理 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
创建完成后的应用,将显示在应用列表中,您可以使用该应用创建分析作业。 父主题: 工具管理
可以在作业详情页面查询和下载相关信息。
父主题: EIHealth平台
命令行工具概述 医疗智能体命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。
系统标签管理 在平台右上角用户名中选择“标签管理”。 系统标签用于设置项目、应用、流程、作业分类,系统管理员可以在系统标签管理中添加、删除、批量删除标签。 图1 系统标签管理 添加标签 在“标签管理”页面,单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中,输入标签名称、标签描述。
数据库简介 EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。
ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。
ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。
seq-platform string 测序平台,如MGI、Illumina。 sample-id string 文件前缀,如NA12878。 输出参数 sorted-bam file 比对和排序之后得到的bam文件。 flagstat-file file 基于bam做统计。
归档作业取消后,不支持重试。 选择归档类型为归档存储后,对应的归档数据至少要保存90天,如果在90天内删除归档数据,需要支付不足90天的惩罚费用。详细可参考不同类型的归档,费用分别是多少。 父主题: 数据管理