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/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/datas/subscribe 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 资产订阅目标项目 最小长度:1 最大长度:128
String 流程的子任务展示名称 output_dir String 子任务的输出存放路径 whole_output_dir String 子任务的完整输出路径,查看流程不会返回,查看作业时才会返回完整输出路径 io_acc_type String 子任务使用的IO加速类型,不填表示不使用;
/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/datas/import-from-network 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。
Dockerfile命令,进入Dockerfile文件中,编写文件。 FROM broadinstitute/gatk:4.1.9.0 RUN apt-get update RUN apt-get install -y parallel 按Esc键,并执行:wq退出Dockerfile。
说明 ID 不涉及 否 流程ID,指定后获取流程ID对应的流程详情。不指定时,获取的是流程列表。 --param-file -p 否 参数文件保存路径,以yaml格式保存。如果没指定,则不会显示和保存参数信息。 命令示例 health nextflow get workflow 55
Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。
Failed 未满足前提条件,服务器未满足请求者在请求中设置的其中一个前提条件。 413 Request Entity Too Large 由于请求的实体过大,服务器无法处理,因此拒绝请求。为防止客户端的连续请求,服务器可能会关闭连接。如果只是服务器暂时无法处理,则会包含一个Retry-After的响应信息。
单击作业页面的“新建作业”按钮,并选择需要运行的流程。这里作业名称可以用默认的名称,也可自己更改一个名称。同时,若想比较好的方式管理输出文件,也可以自行指定输出路径。 图6 新建作业 在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。
环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,ECS如果为Linux操作系统,可以依次执行如下命令快速安装容器引擎。
fastq;对于ENUM类型,可以提示一定要在param_enum列表范围内取值;对于FILE类型,约束文件后缀类型;对于DIRECTORY类型,提示目录下需要包含哪些文件; 最小长度:0 最大长度:64 values Array of strings 参数取值 如填写,只支持填一项,根据参数类型进行不同的校验
上传小于1GB数据 上传数据 上传数据是最常用的添加数据功能,但由于网页传输大文件时存在一定的限制,所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。
fastq;对于ENUM类型,可以提示一定要在param_enum列表范围内取值;对于FILE类型,约束文件后缀类型;对于DIRECTORY类型,提示目录下需要包含哪些文件; 最小长度:0 最大长度:64 values 否 Array of strings 参数取值 如填写,只支持填一项,根据参数类型进行不同的校验
fastq;对于ENUM类型,可以提示一定要在param_enum列表范围内取值;对于FILE类型,约束文件后缀类型;对于DIRECTORY类型,提示目录下需要包含哪些文件; 最小长度:0 最大长度:64 values 否 Array of strings 参数取值 如填写,只支持填一项,根据参数类型进行不同的校验
可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。例如GATK:4.0:projectname。 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。 --summary -s 否 应用的简要描述。 --description -d 否 应用的详细描述。 --commands -c 否
/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。
/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。
通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程文件后的“下载”,可下载该流程文件。 下载流程参数 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程参数后的“下载”,可下载该流程设置的参数文件。 图1 下载流程文件/参数 父主题: Nextflow
针对构建Index后的bam文件,统计测序数据的Insert size的分布。 Bam QC 评估比对得到的bam文件的质量。 GATK MarkDuplicates 标记比对bam文件中的重复Reads。 gatk BaseRecalibrator 基于比对bam文件评估矫正参数。 gatk
计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务 删除配体相似性图计算任务 根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容 根据表面离散点坐标集生成可渲染的文件内容 将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构
当作业执行成功后,可以在作业中心页面,单击作业名称,查看输出结果。 在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息,可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图 输出结果除了支持上图所示的列表视图外,还支持卡片式图和3D视图。 图2 输出结果-卡片视图 图3 输出结果-3D视图