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类型为“归档存储”,则将该数据引用过来后,该数据不能用于创建分析作业、数据库导入数据,并不可下载、归档。 引用外部OBS桶的数据时,在页面左侧数据栏中,将显示出完整的外部桶目录结构,对于非引用路径的数据,不支持数据归档操作。例如,桶中有文件,路径为a/b/c,引用c文件,c文件的父目录也会显示在左侧数据栏中,但目录a
参数--log的优先级高于--file。如果命令中同时包含参数--log和--file,默认只执行--log。 --file -f 否 本地文件夹路径及自定义文件名称,下载详细数据作业执行日志到本地,需要与data-job-id一起使用。 --finish-from-time -x 否 查询提供时间之后的所有任务。例如,2006-01-02
source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有
source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私
上传大于1GB数据 当数据过大,或者数据处于服务器上时,页面传输并不是很方便,所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
命令行工具概述 医疗智能体命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强:
app_summary String 应用简述 app_description String 应用描述 app_image String 应用镜像 app_commands Array of strings 任务使用到的应用自带的命令信息 app_input_parameters Array
新建流程 流程说明 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
ct为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。例如ngs:1.0:srcproject。 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。 --summary -s 否 流程的简要描述。 --description -d 否 流程的详细描述。 --output_dir
导入的模板,可以在“导入模板名称”中修改模板名称,单击“确定”。 图1 从其他项目导入模板 平台也提供了yaml格式的数据库模板,您可以在本地编辑完成后上传至平台进行使用,数据库模板支持yaml或yml格式,且文件大小不能超过10M。 导入方式选择“上传”,单击“下载示例文件”下
”、“\t”,除此之外您也可以使用其他分隔符。以图1为例,分隔符为制表符,创建数据库时,分隔符填写为“\t”,有效数据从第2行开始,跳过文件行数填写为1。 在本地编写.csv、.txt、.vcf文件时,文件编码格式使用UTF-8。 为保证查询性能,建议数据库行数小于500万行,若超过该量级,建议拆分数据库。
创建study作业 功能介绍 创建study作业 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-pro
com/v1/{project_id}/nextflow/engines { "version" : "1.0.0" } 安装Nextflow,上传本地名为test.txt的Nextflow文件 { "total_part" : 1, "part_number" : 1, "file_name"
获取流程模板 使用health get workflow -s命令获取创建流程的模板,复制模板并保存到本地,您可以保存成.yaml或txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 在本地编写模板,模板填写好后,再使用命令行工具上传模板,创建流程。示例流程由app1和app2两个应
数字或字母开头。 标签:设置作业标签。 功能调用次数:合成路径规划目前是一个运行成功得作业消耗一次功能调用次数。 图1 分子合成路径 引用外部桶时,需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后,可在作业中心单击该作业查看输出结果,输出结果缩略图。
project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 id 是 String 云服务器ID 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是
alth所在目录。 cd /home/user-name/test/client/ 图3 客户端 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。macOS执行命令和linux一致, 如果当前目录为health所在目录,可以使用
图3获取路径。 cd /d d:\demo 图2 cmd窗口输入health命令 图3 获取路径 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。macOS执行命令和linux一致, 如果当前目录为health所在目录,可以使用
文件创建成功后,将直接呈现Console页面。 图6 新建文件(Console) 上传文件 进入JupyterLab页面后,您可以单击左上角“Upload”快捷键,从本地选择一个文件上传。 图7 上传文件 编辑文件 JupyterLab可以在同一个窗口同时打开几个Notebook或文件(如HTML、TXT、Markdown等),以页签形式展示。
上传应用 通过在本地修改应用的yaml模板,上传应用至项目中。 获取应用yaml模板。 单击“上传应用”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.tx