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如何将Notebook中的数据下载至本地 在Notebook页面，可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
描述。长度范围为[0,1024]。 --image -i 是 notebook镜像，支持PY3或者指定项目中镜像（格式为SourceProjectName/ImageName:TagName）。 若选择PY3，则代表使用系统镜像创建notebook；若选择SourceProjectName/I
proxy:your-port”。 --swr-endpoint -t 是 SWR镜像仓库地址。 获取方式： 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”，获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。 --iam-endpoint
需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作，只需聚焦于科研工作，从而加快科研进展。 镜像 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境，里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。
zip，大小不能超过10M。zip包文件个数规格为1024个，单个文件解压后限制，不超过10M。 如果上传的流程中包含镜像，单击镜像管理跳转至本项目的镜像管理列表，进行镜像上传，具体可参考导入或上传镜像。 图1 添加流程文件 添加完成后，单击“下一步”，配置流程参数。 添加参数方式支持两种，一种为单
项目管理 收藏管理 镜像管理 标签页面管理 项目审计管理 虚拟药物筛选 父主题： API（医疗智能体平台）
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在医疗智能体平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
用户指南（基因平台） 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境（Notebook） 大规模药物虚拟筛选
相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 资产市场，提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。 提供了数据库的创建、查询和管理能力。 支持药物虚拟筛选能力。 命令行工具迭代更新。 开放镜像管理类API。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2021年3月 序号 功能名称
EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像，并将镜像上传至EIHealth平台，通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中，
在成员管理页面可以添加或者移除访问该项目的成员。 图3 成员管理 数据审计 平台通过云审计服务（CTS）提供操作记录的收集、存储和查询，审计操作可以设置导出用户的读操作和写操作（默认）和仅写操作（可选），保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期，下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审
EIHealth终端节点名称，请在地区与终端节点中获取。 --swr-endpoint -t 否 SWR镜像仓库地址。 获取方式： 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”，获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。 --log-path -l 否
分子对接 分子对接基于华为云大算力，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算对接结合能，实现百万级别虚拟筛选。 单击“分子对接”功能卡片，进入分子对接受体预处理页面，单击上传受体文件，进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式，若文件中存在多个受体，默认只处理第一个。受
您可以使用该工具创建、获取、删除和导入数据库模板，创建、获取和删除数据库实例，也可以引用数据库。 镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。 应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 您可以使用该工具创建应用，并进行修改、删除、查询、导入操作。
并发选项即可，则不会出现本问题场景。 图16 开启并发 若不涉及并发，则优先排查镜像启动命令设置是否合理、是否确实需要复制路径存在包含关系的多个文件或目录。若不存在相关场景，根据实际业务需求，修改镜像启动命令即可。 若确实存在路径需要包含多个文件或目录，可参考如下方案解决。 以下
上传大于1GB数据 当数据过大，或者数据处于服务器上时，页面传输并不是很方便，所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令，将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件，启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
projects: {0}. 请等待其他项目使用完毕再删除该镜像。 400 eihealth.01020021 Subscribed images cannot be updated or imported. 请检查镜像ID是否正确。 400 eihealth.01020024 Virtual
行作业。以二代基因组分析流程：fastp，bwa-mem，bamqc，picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装，将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用，不用担心复杂的开发环境问题。 流程是由1各或者N个应用串联构建而成，平台页面
单击按钮，进入参数设置页面，可查看修改参数。 名称：应用的原始名称。 版本：应用版本。 显示名称：应用在流程中的显示名称，可修改。 镜像启动命令：镜像启动的命令。可在右上角放大查看，在右下角下拉查看。 源项目：显示应用隶属的项目。 输入参数：由用户在创建应用时定义。 输出路径：输出数据的存放路径，可修改。
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