检测到您已登录华为云国际站账号,为了您更好的体验,建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
API概览 医疗智能体平台所提供的API,均符合RESTful API设计规范,如表1所示。 临床研究和药物设计所提供的API,均符合RESTful API设计规范,如表2所示。 表1 医疗智能体平台API 类型 API 说明 项目管理 项目管理 项目创建、获取项目详情、删除项目等相关操作API。
EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用,创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述
EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中,以列
'分隔多个值 cpus Integer 指定task执行需要的cpu数量 memory String 指定task执行需要的内存大小 disk String 指定task执行需要的磁盘大小 time String 指定task执行需要的时间 表6 NextflowTaskResourceUsage
您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1 功能调用套餐包 在“资源中心>存储资源”中可以查看存储使用量等信息。 图2 存储资源信息 购买功能调用套餐包
String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。
生成相互作用2D图 功能介绍 生成相互作用2D图,若不提供配体文件,则受体文件中必须包含配体;若提供配体文件,则受体中的配体(若有)则会被忽略。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/d
在“项目管理”页面“作业”页签中,以列表形式展示了项目中运行的分析作业和运行状态。您可以查看分析作业名称、标签、所使用的流程名称、版本、运行状态、创建者、创建时间、完成时间和总耗时。并可对作业执行重试、取消、删除、克隆、导出操作。对于列表中的作业,支持通过作业名称、流程名称、
执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务,您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心
使用edit或update命令修改应用的内容,应用的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit app ID [flags] # edit和update作用相同 health update app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 可选: 应用的ID(
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
--parallel -p 否 每个分段移动任务的最大并发数,默认为配置文件中的defaultParallels。 --threshold -t 否 开启分段移动任务的阈值,单位:字节,默认为配置文件中的defaultBigfileThreshold。 如果待移动的源对象小于该阈值,则使用直接移动
设置作业保留条数 您可以在系统设置中设置作业最多保留条数。超过设置的数值后,系统将自动清除。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置作业的最多保留条数。已完成作业保留数量最少1万条,最多1000万条,默认设置为500万条。已有作业条数表示系统所有用户的作业总条数。 图1 设置作业保留条数
作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 排查思路 首先需要用户自行确认一下投递的作业是否会在控制台打印日志,如果是有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。 子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。 图2 子任务的事件 查看实例的事件,查看实例是否有正常创建。
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述
选择步骤2中状态为“运行中”的Notebook实例,单击“操作”列的“打开”访问Notebook,请参考打开Notebook。 进入Notebook的根目录下“genomeagent_examples”文件夹中,包含使用“genomeagent_examples”进行分析的示例,可供参考,以下均以example
生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id relative_path String 生成study作业结果的文件的相对路径 output_file_type
第1部分描述了蛋白质与配体小分子的结合能大小,以及该蛋白质在所有配体小分子的对接结果的均值和标准差。 第2部分描述了配体小分子信息,注释结果如下。 分类:该小分子的在DrugBank中分类信息。 化学式:小分子的化学式。 XLOGP3:小分子的脂溶性logP。 TPSA:小分子的拓扑极性表面积。