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加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 平台ID 最大长度:64
用户指南(基因平台) 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境(Notebook) 大规模药物虚拟筛选
创建子用户 使用管理员账户登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 图1 用户管理 在用户管理页面,单击左上角“创建用户”,进入“创建用户”页面。 填写用户信息,分配子用户权限。 填写必填信息。必填信息包括“用户名”、“角色”、“密码”。 “角色”分为管理员和操作员。权限区别请参见表
医疗平台信息获取 获取医疗平台信息 父主题: 系统管理
平台计费方式 基因平台 基因平台提供包年包月、按需两种计费方式,您可以按需求进行选择,计费详情请参见价格计算器。 盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台提供包年包月、按需两种计费方式,您可以按需求进行选择,计费详情请参见价格计算器。 OBS数据下载 OBS数据下载产生的流量费用为按需
盘古辅助制药平台 应用场景 基本概念
欢迎使用盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台是以盘古药物大模型为基础打造的一站式药研平台,助力药物研发效率提升60%+。平台提供靶点发现,苗头化合物发现,先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速,大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。 全平台无需软硬件安装调
收到邮箱测试通知后,单击“更新”,完成邮箱设置。 设置邮箱接收消息范围 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,进入邮箱消息通知设置页面。设置邮箱消息的接收范围和接收类型。 接收范围 仅自己接收操作:自己所执行的操作。如果选择此项,接收类型默认全选。 全部接收:自己有权限访问的项目中产生的操作,包含
对于系统级别的管理员用户(购买平台的账户),可以在平台右上角用户名中选择“用户管理”,在“操作”列中选择“安全设置”,重置其他用户的邮箱、手机和密码信息。 单击“重置邮箱”后,可以选择清除邮箱或绑定新邮箱。 单击“重置手机号”后,可以选择清除手机号或绑定新手机号。 单击“重置密码”后,
API(盘古辅助制药平台) CSS集群管理 药物通用接口 药物数据库管理 药物作业管理 自由能微扰作业管理 分子对接作业管理 分子合成路径规划作业管理 分子优化作业管理 靶点口袋发现作业管理 靶点口袋分子设计作业管理 分子属性预测作业管理 分子搜索作业管理 分子生成作业管理 CPI作业管理
运行大规模虚拟药筛任务 药物数据输入格式说明 订阅Docking Summary流程 新建研究 查看药筛结果 查看药筛作业和结果下载
加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 mobile 否 String 用户手机号,纯数字
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据,需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。
API(医疗智能体平台) 项目管理 系统管理 数据管理 数据库管理 应用管理 资产市场 notebook开发环境 Nextflow接口
新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 虚拟药物筛选简介 获取示例数据 创建虚拟药物筛选任务
导入的用户,不支持删除,只支持移除。移除后不影响该用户操作其他服务。执行移除用户操作时,只有在该用户名下没有项目时,才可以被移除。在用户的操作列,单击“移除”,移除对应的用户。 图2 移除子用户 安全设置 在用户管理页面,可以重置用户的邮箱、手机号和密码信息。在用户操作列,单击“安全设置”,重置用户的相关信息。
最大长度:32 mobile 否 String 用户手机号,纯数字,长度小于等于32位,当且仅当重置手机号时传入空串。必须与国家码同时存在。 最小长度:0 最大长度:32 areacode 否 String 国家码,当且仅当重置手机号时传入空串。中国大陆为“0086” 最小长度:0 最大长度:10
D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
超时时间 根据受体配体对个数进行调整,一个受体配体对对接大约需要25s。 图2 运行信息 单击“提交”,运行作业。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务