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获取notebook详情 功能介绍 获取notebook详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealt
获取Nextflow作业详情 功能介绍 获取Nextflow作业详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eih
获取notebook列表 功能介绍 获取notebook列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealt
创建数据库 功能介绍 创建数据库。 URI POST /v1/{project_id}/drug/databases 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数
根据表面离散点坐标集生成可渲染的文件内容 功能介绍 根据表面离散点坐标集生成可渲染的文件内容。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/surface-points
发布镜像 功能介绍 发布镜像 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eih
源应用版本。 --rename -r 否 重命名目标应用名称,不填时与源应用名称保持一致。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
要删除的镜像tag所在的仓库名称。 tag-name 无 是 要删除的镜像tag名称。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 假设当前所在项目为lmx-project-01,命令及返回结果示例: 删除其他项目lmx-project-02的导入镜像tag。
式。 图2 输入分子 单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果需要设置靶点,并且将对接结合能作为一个约束条件进行优化,需要进行配置。最多可添加2个靶点。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。 图3 靶点设置 图4 Target1设置
列举study 功能介绍 列举study 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/studies 表1 路径参数 参数
最多挂载5个。 格式为ProjectName:/path,多个路径用分号(;)隔开。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
置为144000分钟。 --labels -l 否 标签。多个标签使用;符号分隔开。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 对于可选参数,如果命令中包含了特殊字符,Windows系统下需使用""括起来,Linux系统下需使用''括起来。 命令示例
图2 获取作业结果 同时,项目支持导出作业的元数据信息,包括以下内容。 作业的基本配置信息,以yaml文件导出,包含作业名称,依赖的workflow名称/版本,基本的CPU/Memory配置,输入输出参数等信息。 作业的运行信息,包括每个任务的启动、停止时间、运行状态,日志链接等。
查询作业 功能描述 查询指定job详情。 命令结构 health nextflow get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 job id,不指定job-id时,列出当前project的全部job的基本信息。 --type
新建分子生成任务接口 功能介绍 输入分子属性约束,创建分子生成任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/generation 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求Header参数
查询自定义属性任务 功能介绍 通过自定义属性任务ID查询任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/custom-props/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id task_id
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析,如果有多个受体蛋白则只处理第一个,如果一个受体蛋白里结合了多个配体,则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/info
有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像
查询作业详情 使用get命令查询作业的详细信息,该命令同时可以用于获取作业模板。 命令结构 health get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有作业信息。 指定job-id时,列出具体作
有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像