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如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令使用命令行工具。
形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出,对于由多个应用搭建出来的流程,命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系,完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程,创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。
科研单位 平台以流程管理及Notebook为核心,内置了常见的基因组数据分析流程,科研工作者可以非常方便的实现数据管理,开发自己的分析流程,分享自己的数据分析流程,以及复现业内已有的流程。
镜像并上传至平台,并通过“新建应用”引入相关软件。 导入应用 应用按项目进行划分,隶属于不同项目的应用,可以通过“导入应用”的方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组
项目中的DataSet数据,使用health cd命令切换到该路径,并使用health ls名称查看详细数据。 当由引用数据的路径,切换到自己项目数据时,需指明具体的路径。 health cd gene-assent:/DataSet/ health ls 父主题: 数据管理命令
文件,c文件的父目录也会显示在左侧数据栏中,但目录a, 目录b 不支持数据归档。 平台系统管理员在自己的所有者、管理员、开发者、上传者项目可以引用OBS类型数据。平台系统管理员在自己的所有者、管理员、开发者、项目可以解除引用OBS类型数据。其他角色的用户仅能使用引用进来的OBS类型数据。
镜像类型 支持系统镜像和自定义镜像。 工作环境 选择系统镜像时,工作环境选择“PY3”。 自定义镜像:当提供的镜像无法满足您的需求时,可以使用自己制作的Notebook镜像。镜像制作方法请参见镜像管理。制作Notebook自定义镜像时,需要依赖平台提供的基础镜像,获取地址请参见获取镜像。
获取Repository和Anaconda安装包。 Repository: https://repo.anaconda.com/archive/index.html Anaconda Installer: https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一
选择模型数据。可选择数据中心数据,或者示例数据。 仅支持CSV格式,数据条数支持100-50000条,文件不大于5MB。 组织共享 如果关闭,则该模型只能自己使用。 如果开启组织共享,则其他子用户也可以使用您的模型做分析。 默认为关闭。 单击“确定”。 每人最多可以创建100个模型,每次使用模型时,最多可以使用10个。
如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 图2 客户端 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放置所需的目录下,例如: 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令执行命令行工具。
调用说明 医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
态的计算节点,将无法在此节点运行作业。 通过“新建流程”时创建 在“工具”页面,单击“新建流程”,填写流程信息。请参考新建流程操作。 流程搭建完成后,单击“新建作业”。 图1 新建作业 在新建作业弹窗中单击“确定”。 图2 新建作业 在弹出的作业设置页面,填写作业信息。“作业名称
文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 响应参数 无 请求示例 将外部文件https://files.rcsb.org/download/1TQN.pdb转为SDF格式。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/drug-common/t
如下所示。 https://iam.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v3/auth/tokens 为查看方便,服务每个具体API的URI,只给出resource-path部分,并将请求方法写在一起。这是因为URI-scheme都是HTTPS,而Endpo
enable_cold_archive Boolean 是否支持归档类型存储 public_bucket_path String 医疗智能体公共数据桶https路径 请求示例 查询系统配置列表 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/system/configs
下载类型(仅支持PRIVATE|PUBLIC) 枚举值: PRIVATE PUBLIC EXTRANET url 否 String 资源地址(支持https、obs地址) 最小长度:1 最大长度:2000 range_start 否 Long 指定下载对象的开始位置 最小值:0 最大值:9223372036854775807
Windows: health import data https://eihealth-lmx-test-01-aad9f09b.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/test1.csv? https://eihealth-lmx-test-02-aad9f09b
枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式
资产封面图访问链接 create_time String 创建时间 update_time String 更新时间 请求示例 查询资产详情 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/assets/{asset_id}