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上传大于1GB数据 当数据过大,或者数据处于服务器上时,页面传输并不是很方便,所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“autogenome”镜像。 CPU 设置CPU为8.0核。 GPU 设置GPU为1.0。 内存 设置内存大于50G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
最小长度:1 最大长度:32 description 否 String 标签描述 最小长度:0 最大长度:1024 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 标签id 请求示例 创建标签,设置名称和描述 https://eihealth
是否必选 说明 project-name 无 是 项目名称。 --description -d 否 项目描述。 -tags -t 否 项目标签,多个标签使用分号(;)分隔。 --policy -p 否 设置项目级数据权限策略。 用数字0和1表示关闭和打开,以data-share、d
gromos53a5, gromos53a6, gromos54a7力场,默认是amber99sb。 水模型:水模型支持spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p类型,默认是tip3p。 离子种类:支持NaCl、MgCl2、None几种类型。若平衡电荷设置为True,则不支持离子种类选择None。
APP NOTEBOOK chip_type 否 String 镜像芯片类型。枚举值:X86、ARM 枚举值: X86 ARM 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 镜像id 请求示例 创建镜像,设置描述、名称、版本、类型、芯片类型
数据库名称,长度为5-32个字符,首位需以小写英文字母开头,仅可以使用小写字母、数字、下划线“_”和中划线“-”。 最小长度:5 最大长度:32 description 否 String 数据库描述。 最小长度:0 最大长度:1024 css_id 是 String css集群id。 最小长度:1
示已选择90个用户。 如果导入后用户状态显示异常,需联系技术支持处理。 单击“下一步”,设置角色。 角色:支持管理员和操作员两种角色,默认为操作员。权限描述可以参考表2。 用户资源配额:设置用户的个人资源配额。详细请参考个人资源配额。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,
String 项目id 请求示例 创建项目,设置描述、名称、标签 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-projects { "description" : "this is a
对于pod配置,暂不支持用户侧设置。若用户侧设置的情况下可能会导致对应Process执行失败。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#pod 对于publishDir配置,用户侧设置时需要使用一定的技巧。目前测试结果表明下面两种写法是可行的,
"baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "COMPLETED"
"version" : "1.0.0", "summary" : "summary", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "create_time"
APP NOTEBOOK description 否 String 描述信息 最小长度:0 最大长度:1024 chip_type 否 String 镜像芯片类型。枚举值:X86、ARM 枚举值: X86 ARM 响应参数 无 请求示例 更新镜像,设置类型和描述 https://eihealth
-y 否 本地的应用模板路径。 --summary -s 否 应用的简要描述。 --description -d 否 应用的详细描述。 --commands -c 否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image -i 否 镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。
"baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "description" : "description", "status" : "RUNNING", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z"
产品功能 eihealth-toolkit提供了以下功能: 系统设置 您可以使用该工具获取系统标签、系统资源、系统配额信息、消息列表,查询和修改消息及完成作业保留配置,也可以获取和修改供应商logo、名称设置。 项目管理 您可以使用该工具获取、切换、创建、更新、删除和转移项目,也可以添加、修改、移除项目成员角色。
"demo-template", "description" : "description", "columns" : [ { "name" : "column1", "type" : "Long", "description" : "description", "nullable"
description String 列描述信息 最小长度:0 最大长度:1024 nullable Boolean 列是否允许为空 primary Boolean 是否作为主键 searchable Boolean 是否可查询 unique Boolean 是否唯一 tips String
工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何通过循环读取输入数据,批量运行NGS。同时,您也可以参考本示例,将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。
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