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在HPC集群上运行MPI应用(鲲鹏BMS场景) 该任务指导以CentOS 7.6的操作系统为例在集群上运行MPI应用。 安装和使用IB驱动自带的Open MPI 安装和使用社区OpenMPI 安装和使用MPICH 父主题: 裸金属服务器场景典型应用
实施步骤 创建HPC私有镜像 创建弹性云服务器 配置节点互信 创建SFS Turbo 挂载共享目录 通讯录安装 MPI安装 STAR-CCM+安装与运行 父主题: 基于STAR-CCM+部署HPC集群
附录 常见问题 主要概念 父主题: 基于STAR-CCM+部署HPC集群
Turbo提供按需扩展的高性能文件存储(NAS),可为云上多个弹性云服务器(Elastic Cloud Server,ECS),容器(CCE&CCI),裸金属服务器(BMS)提供共享访问,能够弹性伸缩至320TB规模,具备高可用性和持久性,为海量的小文件、低延迟高IOPS型应用提供有力支持。
MPI安装 Platform MPI安装 PlatformMPI使用STAR-CCM+自带的,不需要安装。 OpenMPI安装(可选) 若使用STAR-CCM+自带的,可不用安装。 cd /root tar zxvf openmpi-4.0.1.tar.gz cd openmpi-4
主要概念 RDMA RoCE 父主题: 附录
finiBand、iWARP。RDMA的实现方式主要分为InfiniBand和Ethernet两种传输网络。而在以太网上,又可以根据与以太网融合的协议栈的差异分为iWARP和RoCE(包括RoCEv1和RoCEv2)。其中,InfiniBand是最早实现RDMA的网络协议,被广泛应用到高性能计算中。
常见问题 RoCE网络问题 STAR-CCM+启动相关问题 父主题: 附录
挂载共享目录 安装软件 yum install nfs-utils 挂载SFS Turbo 将SFS Turbo挂载到/opt/Siemens目录 mkdir /opt/Siemens # 在/etc/fstab中添加开启自动挂载 echo "192.168.0.15:/ /opt/Siemens
IB驱动自带的OpenMPI 社区OpenMPI Spectrum MPI Intel MPI Platform MPI 父主题: 裸金属服务器场景典型应用
创建HPC私有镜像 前提条件 创建镜像需选择ECS系统盘镜像。 需修改镜像属性才能在ECS创建界面的C6h规格中选择到相应的镜像。 镜像获取 请联系技术支持进行操作。 创建系统盘镜像 请使用镜像文件创建系统盘镜像,需注意镜像用途选择ECS系统盘镜像如图1,选择启动方式为UEFI图2,否则系统无法启动。
配置节点互信 配置节点互信免密登录 STAR-CCM+集群运行时候需要跨节点运行,推荐使用互信免密登录。 # 生成ssh公钥和私钥 ssh-key-gen # 拷贝公钥到指定主机的~/.ssh/authorized_key文件中 ssh-copy-id root@目标主机IP 例如:ssh-copy-id
集群创建提交失败,提示集群配额不足怎么办? 每个用户只能创建最多3个集群,当集群数量达到上限后会提示该错误,如需创建新集群,可先将不使用或者异常状态的集群进行删除,然后再重新创建集群。 父主题: 常见问题
通讯录安装 Udapl安装和测试 Udapl安装 cd /root wget https://linux.mellanox.com/public/repo/mlnx_ofed/4.1-1.0.2.0/SRPMS/dapl-2.1.10mlnx-OFED.3.4.2.1.0.41102
使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 登录用户为创建弹性云服务器时指定的用户名。 执行以下命令,防止系统超时退出。 # TMOUT=0 执行以下命令,验证参加测试的弹性云服务器之间是否可以免密码互相登录。 $ ssh 用户名@SERVER_IP 执行以下命令,关闭弹性云服务器的防火墙。 #
该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行社区MPI应用(3.1.1版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 登录用户为创建弹性云服务器时指定的用户名。
依次登录集群中所有ECS,重复执行步骤1.1~步骤1.3,关闭所有ECS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台ECS。 执行以下命令,查看ECS的主机名。 # hostname 图2 查看ECS的主机名 依次登录集群中所有ECS,重复执行步骤2.1~步骤2.2,获取所有ECS的主机名。
登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名,例如: 192.168.0.1 bms-0004 192.168.0.2 bms-0005 ... 执行以下命令,添加hostfile文件。
登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名,例如: 192.168.0.1 bms-0004 192.168.0.2 bms-0005 ... 执行以下命令,添加hostfile文件。
登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名,例如: 192.168.0.1 bms-0004 192.168.0.2 bms-0005 ... 执行以下命令,添加hostfile文件。