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应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务，快速实现基因组数据分析及AI建模，提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持，让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一，基
新建作业 Nextflow作业依托于流程运行，需要您先新建流程，再基于流程创建作业。 选择“作业>分析作业>Nextflow”，单击“新建作业”。 设置作业参数。 作业名称：设置作业名称。名称长度为1-63，只允许出现中划线、字母和数字。 标签：设置作业标签。最多可以设置5个。 描述：作业描述。
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节，设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面，填写作业信息。 基本信息：包含作业名称、标签、描述。 输出路径：存放输出结果的路径，格
创建分析作业 创建分析作业有以下几种不同的方式，您可以任选其中一种方式。 通过“新建流程”时创建 通过“作业”页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“工具”页面创建 通过“上传作业”创建 如果在创建应用时打开了“并发”开关，可以设置多个参数值，批量执行作业。 可通过在“系统资源 >
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
资产市场简介 资产市场是在EIHealth平台的基础上构建的开发者生态社区，提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用，加速基因、药物、临床应用的开发与落地，保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、
CPI预测 CPI预测基于蛋白质的一级序列和化合物的2D结构进行靶点匹配，精确的预测化合物-蛋白相互作用。 单击“CPI预测”功能卡片，进入配置页面。 配置靶点文件。 支持3种输入方式，分别是输入氨基酸序列、选择文件、输入PDB ID 输入FASTA格式氨基酸序列，输入框最多支持
作业配置文件说明 流程创建完成后，可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台，运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业，运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。
使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
作业执行失败排查思路 作业执行失败，有如下场景： 场景1：作业投递后处于运行中，运行过程正常，但是最后超时失败。 场景2：作业投递后处于运行中，但是无日志打印，也没有任何符合预期的输出文件生成。 场景3：作业投递后显示运行成功，但是根据日志分析作业有报错，也未能正确输出相关信息。
方式1：使用预置的NGS流程 使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1：订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程，以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2：订阅数据 若您
查看药筛结果 药筛运行状态可在“专题”页面查看。 图1 查看运行状态 运行完成后可单击任务名称，查看对接结合能的热图。 热图的横坐标为蛋白质名称，以及对接结合能的均值和标准差。纵坐标为配体小分子名称，数值为结合能的大小，结合能越小，颜色越偏紫色。 可以根据结合能的大小进行排序，结合能越小代表配体和受体结合越稳定。
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件，启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
AI模型 创建模型 盘古辅助制药平台支持用户创建AI模型，目前AI模型只有专业版支持。AI建模支持创建属性模型和基模型。创建属性模型是基于自定义数据，对盘古药物分子大模型进行微调，进行属性预测和迭代活性优化，实现干湿实验闭环。基模型基于自定义化合物数据，对盘古药物分子大模型进行增量预训练，提升化合物表征精度。
创建自动作业 针对存在需要批量创建分析作业的场景，您可以选择创建自动作业。 在“自动作业”页签，您可以查看已创建的自动作业，包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间；在操作列，您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作，运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件
分子搜索 可自定义数据库，以用户输入的参考化合物结构为起点，可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
使用Docking Summary流程 分子对接（molecular docking ）是分子模拟的重要方法之一，其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中，药
查看执行结果 分析作业的执行时间与环境资源类型、环境资源大小、处理数据大小等相关。您可以在“作业”页面查看执行结果或进行操作。提供了作业的执行状态的查看，并可对作业执行取消、删除、重试、克隆、导出操作。勾选多个作业，可以批量取消、批量删除、批量重试、批量导出。 作业执行状态如下所示。
MOL 3D Viewer Mol 3D Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“功能模块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”，进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括： 本地分子结构的3D可视化，支持多种显示样式，支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。
用户管理介绍 EIHealth平台支持两种类型的用户管理，可以帮助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置，可创建平台的子用户，并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置，以项目为粒度对数据、分析作业、开发环
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