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子对接结果、结合能排序、药物注释信息。 在图6中,页面最右侧显示结合能的最大值和最小值,以及对应的列名称、行名称。 单击列名称或行名称,在弹窗中单击图标,可以对结合能数据进行排序。 单击图标,在弹窗中可以自定义选择要显示的列。 图6 结合能图 图7 对接结果 父主题: 大规模药物虚拟筛选
目等。 管理员 除了不能转移项目、删除项目,其他都可以比如导入成员。 操作员 不能转移项目、删除项目、导入成员,其他都可以。 项目列表中只显示您所在的项目。 一个用户可以是多个项目的成员。 父主题: 项目管理
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/nvidia/lib64 步骤3:制作并上传镜像 制作镜像。 【可选】根据网络情况,配置基础镜像中的PyPi Mirror,对下载进行加速。基础镜像中的PyPi Mirror,默认配置为华为云软件开发云的PyPi m
是否集成开发环境 has_drug Boolean 是否部署药物虚拟筛选 has_encryption_button Boolean 是否显示加密按钮 deploy_mode String 医疗智能体部署模式 enable_cold_archive Boolean 是否支持归档类型存储
和DESC,默认DESC,只有在--data参数使用时才生效。 --columns -c 否 当某个数据库实例列数非常多时,查看数据时会由于机器显示界面限制导致换行难以查看,添加此参数可以只显示想要查看数据的列名,多个列名用分号隔开(;),只有在--data参数使用时才生效。 --project 无 否 指定
output_dir: # 流程的当前工作目录,默认为根目录,用户可显示指定,必须以/开头,结尾不能有/。 tasks: #
NotebookToolDto objects tool详情列表 表4 NotebookToolDto 参数 参数类型 描述 display_name String 显示名称 profile String 系统镜像名 枚举值: PY3 请求示例 获取notebook工作环境 https://eihealth
com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令,如果显示如下类似信息,表示Docker安装成功。 图1 Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。
e bash Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh 在第一个暂停中按“Enter”继续。 在第二个暂停中,将显示用户许可协议,按“Enter”阅读更多信息。 阅读完成后,输入“yes”,然后按“Enter”。 选择安装位置,按“Enter”。 安装完成后,输入“yes”。
最大值:5000 缺省值:0 alerts 否 String 高亮子结构编号。 最小长度:0 最大长度:5000 ncols 否 Integer 显示的列数。 最小值:0 最大值:100000 缺省值:0 bgopacity 否 Float 背景透明度。 最小值:0 最大值:1 缺省值:0
率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游分析或者优化等。 在输出结果页面左上角单击“聚类分析”后,系统开始进行分析,同时显示“聚类分析中”。 图5 聚类分析 待聚类分析完成后,单击“查看聚类结果”。进入聚类结果页。 图6 查看聚类结果 在聚类结果页面,可以查看每个聚类的分子数量等信息。
com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令,如果显示如下类似信息,表示Docker安装成功。 图1 Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。
在该目录中创建一个空白文件abc.txt,创建一个webapp目录。 touch abc.txt mkdir webapp 在该目录中下载一个网络图片。 wget https://www.baidu.com/img/bd_logo1.png 执行vi Dockerfile命令,进入Dockerfile文件中,编写文件。
流程ID,指定后获取流程ID对应的流程详情。不指定时,获取的是流程列表。 --param-file -p 否 参数文件保存路径,以yaml格式保存。如果没指定,则不会显示和保存参数信息。 命令示例 health nextflow get workflow 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000
单击“镜像”,在镜像列表中查看已上传的镜像。 图1 镜像列表 【可选】单击“镜像类型”,对上传的镜像进行分类。 上传镜像时如果上传命令中未指定镜像类型,新上传的镜像默认显示为“OTHER”,您可以将镜像标记为“APP”或“NOTEBOOK”。 APP:用于创建应用的镜像。 NOTEBOOK:用于创建Notebook的镜像。
分析流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储于项目中。同时,您也可以通过“导入流程”的方法,将隶属于其他项目的流程导入至自己的项目中。 创建好的流程显示在流程列表中,您可以基于这些流程创建分析作业。 详细的流程创建和运行请参见新建流程。 父主题: 用户指南(基因平台)
步骤3:启动作业 在流程页面,单击“启动作业”按钮,根据实际情况填写作业名称等信息。 图5 启动作业 图6 设置作业名称 作业设置完成后,会显示流程中的各个应用信息,再此可以指定实际的运行参数。 图7 NGS流程 单击图标,可设置数据来源,可以指定File或者Directory类型
gatk-mergevcfs、discvrseq-variantqc连线关系 搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮,保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 图2 客户端 本示例中以Linux系统为例,介绍安装命令行工具的方法。
创建、导入、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 药物虚拟筛选 创建、修改、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 项目列表中只显示您所在的项目。 一个用户可以是多个项目的成员。 父主题: 项目管理