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获取归档数据 使用get命令查看归档列表或者下载归档的全部数据清单。 命令结构 health get archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-id 无 否
导入流程 使用import命令从源项目导入流程到当前项目。 订阅和已导入的流程不支持再被导入到别的项目。 命令结构 health import workflow <workflow-name:version:source_project_name> [flags] 或 health
取消作业 使用cancel命令取消或强制终止作业。 命令结构 health cancel job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 job-id 无 是 作业ID。 --force -f 否 强制操作，不进行询问提示。默认为false。
导出作业 使用export命令导出作业信息。 导出的作业信息会以zip文件格式保存到当前目录，zip文件中包含以下两个文件： jobDetails.zip：保存job的yaml文件 jobInfo.csv：保存job信息 命令结构 # 使用job-id导出作业 health export
修改权限 修改目录、文件权限。 命令结构 health chattri [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --path -p 附加参数，可选。 修改权限的目录或文件绝对路径。 --delete-policy -d 附加参数，可选。 设置目录或文件是否允许删除。取值包括：allow、deny。
查询作业 功能描述 查询指定job详情。 命令结构 health nextflow get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 job id，不指定job-id时，列出当前project的全部job的基本信息。 --type
切换项目 使用switch命令切换到指定的项目中。 使用该命令前，您需要先创建项目，再使用switch命令进入该项目。 命令结构 health switch project <project-name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 是
显示当前目录 使用pwd命令显示当前所在的EIHealth项目中的目录。同时，该命令支持显示引用项目的目录。 命令结构 health pwd 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health
更新项目 使用update或edit命令更新项目描述信息、标签或状态。 命令结构 health update project <project-name> [flags] 或 health edit project <project-name> [flags] 表1 参数说明 参数
恢复归档 使用restore命令恢复归档数据。 命令结构 health restore archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --destdir -d 是 目标路径。 archive-id
获取数据作业 使用get命令获取数据作业列表、数据作业详情、数据作业执行日志或者下载数据作业执行日志。 命令结构 health get data-job <data-job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 否 数据作
重试数据作业 使用retry命令重试数据作业。 命令结构 health retry data-job <data-job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
取消数据作业 使用cancel命令取消数据作业。 命令结构 health cancel data-job <data-job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
查看对象属性 查看对象属性。 命令格式 health stat <obj> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 obj 不涉及 是 查看的文件、文件夹对象。 注意： 如果为引用数据，必须要使用绝对路径（文件夹最后要加/）。未引用的数据不能查看。 --bf -b
修改归档区域 使用edit命令修改归档区域。 命令结构 health edit archive-region <archive-region> 或者 health update archive-region <archive-region> # 命令中的archive-region可替换为backup-region
停止作业 功能描述 停止作业。 命令结构 health nextflow stop job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业id 命令示例 health nextflow stop job f17a354
查询流程详情 功能描述 查询指定workflow详情。 命令结构 health nextflow get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 流程ID，指定后获取流程ID对应的流程详情。不指定时，获取的是流程列表。
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。
列举对象 使用ls命令查询EIHealth项目中的对象，返回的对象名称按照字典序排列。同时，该命令支持显示引用的其他项目的数据。 在使用该命令前，需要使用switch命令进入待操作的项目，才可以执行数据相关操作，使用逻辑与EIHealth平台相同。 命令结构 health ls <path>
创建子目录 使用mkdir命令，在当前目录下创建子目录，此命令不支持在引用的项目中创建子目录。 命令结构 health mkdir <name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 name 无 是 子目录的名称。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。
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