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获取子任务中实例的pod信息 获取子任务中实例的资源监控数据 重试作业 取消或强制停止作业调度 批量取消作业 批量重试作业 批量删除作业 父主题: 应用管理
流程管理 发布流程 导入流程 订阅流程 获取流程列表 创建流程 获取流程详情 更新流程 删除流程 父主题: 应用管理
流程说明 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
约束与限制 使用区域限制 医疗智能体目前支持的区域为“华北-北京四”、“华东-上海一”、华南-广州。 盘古辅助制药平台仅在“华东-上海一”支持。 不同区域云服务产品之间内网互不相通;请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。 平台用户权限限制 EIHealth平台
自动作业管理 获取自动作业模板列表 创建自动作业模板 删除自动作业模板 更新自动作业模板 查询自动作业模板 启动自动作业 停止自动作业 父主题: 应用管理
最小长度:1 最大长度:32 app_id 是 String 应用id,取值范围[1,135],正则先不能有中文,两种格式。特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景;其他场景,app_id为系统分配的唯一标识
最小长度:1 最大长度:32 app_id 是 String 应用id,取值范围[1,135],正则先不能有中文,两种格式。特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景;其他场景,app_id为系统分配的唯一标识
import_app_results Array of ImportAppRsp objects 导入应用详情 表5 ImportAppRsp 参数 参数类型 描述 source_app_id String 源应用id destination_app_id String 目标应用id destination_app_name
cates连线关系 在流程设计器左侧应用列表中选择gatk-bqsr、gatk-applybqsr应用,并使用鼠标拖拽至画布中。 将gatk-markduplicates的输出参数markduped-bam与gatk-bqsr、gatk-applybqsr的输入参数markdup
Array of AppFilterDto objects 筛选后的app集合 job_info JobFilterDto object 筛选后的job 表8 AppFilterDto 参数 参数类型 描述 app_id String 应用id app_name String 应用名称 app_version
128 表9 AppInfoDto 参数 参数类型 描述 app_id String 应用id app_name String 应用名称 app_version String 应用版本 app_src_project_name String 应用来源项目名称 app_labels
EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中
String cpu申请使用量,取值范围[0.1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 cpu_type 否 String cpu架构类型,不填默认X86
128 表8 AppInfoDto 参数 参数类型 描述 app_id String 应用id app_name String 应用名称 app_version String 应用版本 app_src_project_name String 应用来源项目名称 app_labels
本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用,或将其编排至流程,和其他应用一起使用。 创建
删除作业 功能介绍 删除作业 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
删除流程 功能介绍 删除流程 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/{workflow_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
发布流程 功能介绍 发布流程 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/{workflow_id}/publish 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
订阅流程 功能介绍 订阅流程 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/subscribe 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id