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子任务运行环境列表 container String 容器名称 attempt Integer 执行次数 scratch String 临时工作目录 execution_time NextflowTaskExecutionTime object task执行时间信息 resource_requested
144000],单位分钟,默认1440 output_dir: # 流程的当前工作目录,默认为根目录,用户可显示指定,必须以/开头,结尾不能有/。 tasks:
output_dir: # 作业存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则已指定路径为准,输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\
04 使用 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用,并将其编排调度,形成自定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理
144000],单位:分钟,默认数值1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir String job结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则以指定路径为准 status String 作业状态 create_time String 作业创建时间
144000],单位分钟,默认1440 output_dir: # 可选 # workflow的当前工作目录,默认为根目录,用户可显示指定 tasks: # 必选 # 任务列表
gatk-applybqsr:4.1.9.0 gatk HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。 gatk-haplotypecaller:4.1.9.0 该镜像由gatk和parallel合并而成,以提高并行运行效率,镜像制作方法
流程超时时间,取值范围[1,144000],单位分钟,默认1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 流程的当前工作目录,默认为根目录,用户可显式指定;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\
流程超时时间,取值范围[1,144000],单位分钟,默认1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 流程的当前工作目录,默认为根目录,用户可显式指定;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\
144000],单位:分钟,默认数值1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则已指定路径为准;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\
144000],单位:分钟,默认数值1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则以指定路径为准;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\
[1, 144000],单位:分钟,默认数值1440 output_dir String job结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则已指定路径为准; output_dir_type String 输出路径的类型 node_labels Array
144000],单位:分钟,默认数值1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则以指定路径为准;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\
output_dir: # 作业存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则已指定路径为准,必须以/开头,结尾不能有/ workflow_id: demo-workflow::1