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基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维 使用该Notebook时需要运行相应的代码模块，运行步骤如下所示。 环境配置：加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件：通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGenome会搜索得到最优的神经网络
Hub获取bwa软件（用于将基因序列比对到参考基因组上）。 以下类型镜像，建议您通过Docker Hub获取，不建议自己制作。 基础操作系统类镜像，如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像，如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像，如Tomcat、Mysql、Ngnix等。
收藏资产 公共资产列表 表1 资产列表 分类 资产名称 说明 镜像 image-stitching 针对TB级3D鼠脑稀疏标记成像数据的全自动拼接软件，减少数据分析50%的错误率，节省20%的时间，助力脑科学研究的效率提升。 AutoGenome AutoGenome为Notebook镜
Turbo加速，在投递作业时可以选择“IO加速”。 降低通量运行，进而降低带宽、IO需求，使得带宽、IO满足生产需求。 优化软件算法，如使用内存做缓存等，降低软件的IO需求。 针对特定的项目，对带宽或IO性能进行扩容。 提交工单或联系服务技术支持。 父主题： 流程、作业
镜像 如何搭建Docker环境？ 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传？
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装，应用既可以独立使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用，创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成，流程中的各个应
以引用数据库。 镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。 应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 您可以使用该工具创建应用，并进行修改、删除、查询、导入操作。 流程管理 流程包含分析过程中所需应用的执
将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。 配置成功后，单击“提交”。
17 制作bwa-mem镜像 在本地搭建Docker环境。 要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 下载bwa和samtools软件。 wget http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.17.tar
discvrseq-variantqc 输入参数 ref-file file 参考基因组序列。 variants-file file 变异检测软件（gatk4）生成的变异文件（vcf file）。 输出参数 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。 html-file
GEneration）是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序，具有高性能、模块化等特性，是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持，已经实现自由能微扰加速10倍以上。测试 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
GEneration）是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序，具有高性能、模块化等特性，是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持，已经实现自由能微扰加速10倍以上。 父主题： 盘古辅助制药平台
AK/SK是什么？如何获取AK/SK？ AK/SK（Access Key ID/Secret Access Key）即访问密钥，包含访问密钥ID（AK）和秘密访问密钥（SK）两部分，华为云通过AK识别用户的身份，通过SK对请求数据进行签名验证，用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。
步骤1：获取认证信息 获取AK/SK AK/SK（Access Key ID/Secret Access Key）即访问密钥，包含访问密钥ID（AK）和秘密访问密钥（SK）两部分，华为云通过AK识别用户的身份，通过SK对请求数据进行签名验证，用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。
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自定义数据库 盘古辅助制药平台支持用户自定义数据库，可以上传自己的数据构建自己的数据库，进行后续的分子搜索。构建自定义数据库需要先购买CSS资源和绑定CSS资源，详情见资源中心 自定义数据库 返回主页，单击“自定义数据库”进入界面，单击页面左上角的“创建数据库”，并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。
AI模型 创建模型 盘古辅助制药平台支持用户创建AI模型，目前AI模型只有专业版支持。AI建模支持创建属性模型和基模型。创建属性模型是基于自定义数据，对盘古药物分子大模型进行微调，进行属性预测和迭代活性优化，实现干湿实验闭环。基模型基于自定义化合物数据，对盘古药物分子大模型进行增量预训练，提升化合物表征精度。
创建应用 功能介绍 创建应用 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平
更新应用 功能介绍 更新应用 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/{app_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 app_id 是 String 应用id 最小长度：1
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