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计算资源说明 每个作业的运行依托的是后面的计算资源,所以需要管理员账号(主账号)提前购买计算资源。 若平台无计算资源,则投递的作业会出现等待情况,直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称,会出现账号的相关操作,包括系统资源,系统配置等。注意这里只有管理员
购买存储套餐包 存储资源支持用户购买套餐包。存储资源包不能退订,不能抵扣已经产生的用量。您可以单击右上角“查询详情”,查看套餐包的具体使用量。 在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”>“存储资源”。 在存储资源页面选择“套餐包”,单击“购买存储套餐包”。 图1 购买存储套餐包 填写套餐包的信息。
创建子用户 使用管理员账户登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 图1 用户管理 在用户管理页面,单击左上角“创建用户”,进入“创建用户”页面。 填写用户信息,分配子用户权限。 填写必填信息。必填信息包括“用户名”、“角色”、“密码”。 “角色”分为管理员和操作员。权限区别请参见表
创建项目 您可以在“项目管理”页面创建一个新的项目。 在“项目管理”页面单击“创建项目”。 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称长度限制3-45,以小写字母数字开头结尾,全文包含数字、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目,不支持
修改流程 使用edit或update命令修改流程的内容,流程的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit workflow ID [flags] # edit和update作用相同 health update workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数
导出作业 使用export命令导出作业信息。 导出的作业信息会以zip文件格式保存到当前目录,zip文件中包含以下两个文件: jobDetails.zip:保存job的yaml文件 jobInfo.csv:保存job信息 命令结构 # 使用job-id导出作业 health export
更新项目 使用update或edit命令更新项目描述信息、标签或状态。 命令结构 health update project <project-name> [flags] 或 health edit project <project-name> [flags] 表1 参数说明 参数
查看执行结果 作业运行完成后,可以在“作业中心”页面,单击作业名称,查看输出结果和作业信息。 输出结果 当作业执行成功后,可以在作业中心页面,单击作业名称,查看输出结果。 在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息,可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图
安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎,可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
创建数据库模板 创建数据库模板 创建数据库前,请先在“数据库 > 模板”页签创建数据库模板,模板中数据库表列的数目为固定,行数可按需设置,不同列之间,可通过列信息进行识别。列信息包含列名、描述、类型、允许为空、是否主键、是否可查询、是否唯一、提示和操作信息。单击添加列可新增一列,
查询应用 使用get命令查询应用的详细信息,该命令同时可用于获取应用模板。 命令结构 health get app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有应用信息。 指定app-id或app-name:
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1:使用账号、密码初始化 执行以下命令,进行初始化,命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。
创建虚拟药物筛选任务 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签,单击“新建研究”。
新建应用 详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法,请参考创建应用样例章节。 单击“新建应用”,进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息,包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。
归档数据 平台支持数据的归档机制,您可以将核心数据进行归档,避免误删造成损失。 在“数据”页面单击“归档”,进入归档数据页面。 图1 选择归档 填写归档的参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 设置归档数据的名称。归档名称长度为1-100。 描述 归档数据描述信息。 归档类型
创建作业 创建作业有以下几种不同的方式,您可以任选其中一种方式。 通过功能模块创建 通过作业中心页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“功能模块”创建 在“功能模块”页面,选择对应的模块,单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面,配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建
新建流程 流程说明 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装,应用既可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用,创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应
更新镜像 使用update命令更新当前项目中的某个镜像仓库的描述信息或者类型。 命令结构 health docker update <project-name/image-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 否 要
编辑notebook 使用update或edit命令更新notebook描述信息。 命令结构 health update notebook <notebook-id> [flags] 或者 health edit notebook <notebook-id> [flags] 表1