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您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板灵活的定义数据结构,描述数据及其关系。
整合分子对接结果,生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。 对配体分子进行注释,包括DrugBank编号、分类、化学式、XLOGP3、TPSA、靶点、Csp3比例、分子量、可旋转键数目。 功能演示请参见视频帮助。
查询分子搜索任务 功能介绍 通过分子搜索任务ID查询分子搜索任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/task/search/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id task_id
小分子涉及分子对接、分子优化、靶点口袋分子设计、CPI、分子生成、分子搜索、FEP、聚类详情页。 大分子涉及靶点口袋发现、靶点优化。 使用限制 下载操作将会产生流量费用,具体可参考计费说明。 如果收藏分子的源作业被删除,收藏列表依旧可以正常展示。 收藏夹收藏最多500条。
华为盘古药物分子大模型在分子生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为,进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。
场景2:作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 场景3:作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。 场景4:参数配置的不合理导致的作业执行失败。
华为盘古药物分子大模型在分子生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为,进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。
先导化合物优化 在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。 父主题: 盘古辅助制药平台
使用genomeagent镜像 智能体AI Agent,被设计为具有独立思考和行动能力的AI程序,只需提供一个研究目标和数据路径,即可自适应生成一个任务序列执行分析任务。
那么,系统将自动生成4个作业并发执行。 方式二:参考批量执行NGS分析操作。 参数确认无误后,单击“立即创建”,创建应用。
药物通用接口 生成分子SVG图 生成分子SDF三维结构 受体预处理 受体信息解析 受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务
请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户 token 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 smiles 是 String 分子SMILES表达式 num_trials 否 Integer 生成分子数量
数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板:使用资产市场订阅的流程时,模板已预置,无需选择数据库模板。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。
新建分子搜索任务接口 功能介绍 输入要查询的分子以及查询条件,创建分子搜索任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求
为保证访问密钥的安全,访问密钥仅在初次生成时自动下载,后续不可再次通过管理控制台页面获取。请在生成后妥善保管。 父主题: 数据管理
--o -o 否 生成结果清单文件的文件夹,命令执行完成后,会在该文件夹下生成结果清单文件(可能包含成功结果和失败结果两个文件),默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_output。