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镜像名 最小长度:1 最大长度:128 image_tag String 镜像tag名 最小长度:1 最大长度:64 profile String 系统镜像名 枚举值: PY3 表7 NotebookStorage 参数 参数类型 描述 path String notebook存储路径
镜像名 最小长度:1 最大长度:128 image_tag String 镜像tag名 最小长度:1 最大长度:64 profile String 系统镜像名 枚举值: PY3 表9 NotebookStorage 参数 参数类型 描述 path String notebook存储路径
如何制作镜像? 如何将生物信息学软件封装为镜像?
2021年8月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 资产市场,提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。 提供了数据库的创建、查询和管理能力。 支持药物虚拟筛选能力。 命令行工具迭代更新。 开放镜像管理类API。
项目管理 收藏管理 镜像管理 标签页面管理 项目审计管理 虚拟药物筛选 父主题: API(医疗智能体平台)
--swr-endpoint -t 是 SWR镜像仓库地址。 获取方式: 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”,获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。
运行作业 方式1:使用预置的NGS流程 方式2:使用预置应用搭建NGS流程 方式3:自定义镜像运行FastQC流程
平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成,各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。
String 实例名称 spec ComputingSpecDto object 规格信息 system_disk DiskDto object 系统盘 data_disks Array of DiskDto objects 数据盘 image ImageDto object 系统镜像
开发环境(Notebook) Notebook简介 创建Notebook Notebook常用操作 数据的上传和下载 自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
否 String 镜像名 最小长度:1 最大长度:128 image_tag 否 String 镜像tag名 最小长度:1 最大长度:64 profile 否 String 系统镜像名 枚举值: PY3 响应参数 状态码: 201 表8 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id
表1 fastp、bwa_samtools应用参数说明 应用名称和版本 应用名称:fastp 版本:0.20.1 应用名称:bwa_samtools 版本:0.7.17 镜像和启动命令 镜像:fastp:0.20.1 启动命令: fastp --fix_mgi_id -w 16 -
镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。 应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 您可以使用该工具创建应用,并进行修改、删除、查询、导入操作。
镜像启动命令:镜像启动的命令。可在右上角放大查看,在右下角下拉查看。 源项目:显示应用隶属的项目。 输入参数:由用户在创建应用时定义。 输出路径:输出数据的存放路径,可修改。
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
--swr-endpoint -t 否 SWR镜像仓库地址。 获取方式: 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”,获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。
项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。详细介绍请参见项目管理。
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
用户指南(基因平台) 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境(Notebook) 大规模药物虚拟筛选
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。