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Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
Nextflow引擎生命周期管理 安装Nextflow 查询Nextflow配置详情 卸载Nextflow 清理Nextflow缓存 查询Nextflow版本列表 父主题： Nextflow接口
镜像管理 镜像管理简介 导入或上传镜像 安装容器引擎 获取镜像 制作Docker镜像 上传镜像到SWR镜像仓库 发布镜像 父主题： 用户指南（基因平台）
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1：获取认证信息 步骤2：下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3：初始化配置 步骤4：查看与执行操作命令
Notebook常用操作 数据的上传和下载 自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题： 用户指南（基因平台）
”即可。流程中的每个process可以通过配置文件快速的定制并行执行的样本数目，大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。 医疗智能体（EIHealth）平台集成了Nextflow框架，支持用户直接在医疗智能体（EIHealth）平台安装Nextflow。 父主题： Nextflow
标签。多个标签使用;符号分隔开。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 对于可选参数，如果命令中包含了特殊字符，Windows系统下需使用""括起来，Linux系统下需使用''括起来。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-too
图1 设置靶点优化配置页面 单击“下一步”，配置靶点优化配置参数。 MD引擎：仅支持GROMACS。 时间步长：MD模拟的时间步长，范围支持0<时间步长≤5fs，默认是2fs。 温度：MD模拟的温度，范围支持0<温度≤1000K，默认是300K。 配置MD的计算步骤 Energy
cOS环境使用方法基本相同，可参考。配置信息导入后，即可查询命令行工具支持的操作，并执行相关命令，使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。 执行health --help查询支持的操作命令。Linux系统下，需添加./指定当前路径。 执行操作命令，获取项目信息。
id）启动作业时，必选。 --io-acc-id -c 否 IO加速实例id，为空则不开启IO加速，设置相应加速包id将会开启加速。实例id可参考“系统设置命令>获取系统资源”章节获取。当id设置为：auto_schedule，则会自动调度加速包，当id设置为local_disk，则开启本地盘加速。
用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型，取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用
步骤3：初始化配置 在使用命令行工具前，需要初始化配置信息，通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程，Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1：使用账号、密码初始化 执行以下命令，进行初始化，命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。
计算节点标签：作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签，如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上，则应用调度至该计算节点上；应用和它的作业，不管节点标签是否一致，都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签，作业会进入等待，直至配置了相应的标签。 超时时间：作
台的访问和使用权限。 表1 EIHealth平台用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置，可创建平台的子用户，并为其分配权限。详细介绍请参见用户管理。 项目级别用户管理 资源级的角色配置，以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组，以便用户通过项目进
在“项目管理”页面单击“创建项目”。 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称长度限制3-45，以小写字母数字开头结尾，全文包含数字、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目，不支持立即删除，会进入待删除项目列表。删除项目需要等待7天保留期，到期后系统自动删除。 说明：
与example.ipynb内容基本相同，为python脚本形式示例。 配置eihealth-toolkit（见example.ipynb中配置提示，需要添加config以及切换到当前目录）。 初始化配置请参考步骤3：初始化配置章节。 切换项目，请参考切换项目，运行成功时会提示： health
否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 如果同时使用yaml模板和参数命令对描述、标签等参数进行了修改，最终修改结果以参数命令为准。 对于可选参数，如果命令中包含了特殊字符，需使用""括起来。 如果特殊字符中包含了双引号，需依据不同操作系统对特殊字符的规范来设置参数命令，例如：
EIHealth平台支持两种类型的用户管理，可以帮助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置，可创建平台的子用户，并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置，以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组，以便用户通过项目进行资源的访问
配置命令行工具 步骤1：获取认证信息 步骤2：获取命令行工具 步骤3：初始化配置
查询Nextflow配置详情 功能介绍 查询Nextflow配置详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/nextflow/engines/{id}
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