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--end-time -e 否 查询该时间之前创建的数据作业,获取数据作业列表时生效。 时间类型为时间戳。 --status -s 否 数据作业状态,根据作业状态筛选作业,获取数据作业列表时生效。 --begin-time -b 否 查询该时间之后创建的数据作业,获取数据作业列表时生效。 时间类型为时间戳。
查询作业详情 使用get命令查询作业的详细信息,该命令同时可以用于获取作业模板。 命令结构 health get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有作业信息。 指定job-id时,列出具体作
步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64
项目管理命令 获取项目 切换项目 创建项目 更新项目 删除项目 转移项目 添加项目成员角色 修改项目成员角色 移除项目成员的角色
Nexflow流程管理命令 创建流程 修改流程 查询流程详情 删除流程
notebook命令 创建notebook 获取notebook信息 删除notebook 编辑notebook 启动notebook 停止notebook
EIHealth流程管理命令 流程配置文件说明 创建流程 修改流程 查询流程 删除流程 导入流程
应用管理命令 应用配置文件说明 创建应用 修改应用 查询应用 删除应用 导入应用
镜像管理命令 标记镜像 上传镜像 下载镜像 查询镜像 导入镜像 更新镜像 删除镜像标签
导入数据库模板 使用import命令导入别的项目的数据库模板到当前项目,暂只支持导入单个模板。 命令结构 health import database template <template-id> [flags] 或者 health import db template <template-id>
Nextflow作业管理命令 启动作业 查询作业 删除指定作业 重试作业 停止作业 获取任务信息
如果msm=1则代表上传的URL是一组文件/文件夹列表(以英文逗号分隔)。如果文件/文件夹名本身包含英文逗号,请不要使用msm=1的模式。 如果msm=2则代表上传的URL是一个包含文件/文件夹列表的文件。 多文件/文件夹上传时必选,如果没有设置--recursive参数,则列表中的文件夹不会被上传。
上传镜像 通过health docker push命令将镜像上传至EIHealth平台项目中。 命令结构 health docker push <image-name:tag-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 image-name 无 是 镜像名称。
启动notebook 使用start命令启动notebook。 命令结构 health start notebook <notebook-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 --project
停止notebook 使用stop命令停止notebook。 命令结构 health stop notebook <notebook-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 命令示例 本节以Windows
创建应用 使用create app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description
下载数据 使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地,此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中,受网络影响可能出现损坏,下载命令默认会在下载完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。
创建notebook 使用create命令创建notebook。 命令结构 health create notebook <notebook-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-name 无 是 notebook名称。 取值范围[1
请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 图2 客户端 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放置所需的目录下,例如: 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令执行命令行工具。 如果
删除项目 使用delete命令删除项目。项目的所有者有权限执行该操作。 为了防止项目误删,执行项目删除命令后工具会提示用户进行二次确认输入要删除的项目,只有二次输入的项目名称和命令中的项目名称一致,命令行工具才会执行删除动作。 命令结构 health delete project