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--url -u 否 获取打开notebook的地址。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 获取notebook列表
点会默认下载两个靶点的结果。 图11 查看3D图 在查看3D的页面中,单击右侧的配体列表中,每个配体卡片右上角的,可以查看 查看详情:可以查看每个分子的属性信息和score。 查看属性:查看每个分子的基本属性。 查看2D相互作用图:查看靶点和分子之间的2D相互作用图,并且可以进行图片下载。
查询数据列表 功能介绍 查询指定目录下的数据列表,如果不指定默认查询根目录 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/
下载操作将会产生流量费用,具体可参考计费说明。 图6 查看结果(1) 图7 查看结果(2) 图8 查看结果(3) 单击查看全部展示收敛性分析、RMSF和RMSD结果。 图9 查看结果(4) 单击查看轨迹预览轨迹动图。 图10 查看结果(5) 父主题: 先导化合物优化
配置完成后,单击“提交”。 提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。 查看多对多运行结果。 如果是多受体对多配体,打开作业结果页面可以看到结合能二维矩阵,支持分别按照靶点和小分子进行排序。 图4 查看结果(1) 查看一对多运行结果。 单击受体结合能框,跳转到单受体对多配体的结
64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度:5 最大长度:64 labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1
具”页签中,以列表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用,并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间,可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输
口袋列表中查看口袋信息。 单击口袋列表的,可以收藏靶点口袋发现结果,收藏后可在收藏夹页进行查看。 图2 查看靶点口袋发现结果 图3 查看靶点口袋发现运动轨迹 查看2D相互作用图。 在“作业中心”单击作业名称,在输出结果页面右侧口袋列表,单击口袋后面的图标,然后单击查看2D相互作用图即可。
lkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询,创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。 镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询,复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。 process
话框,单击“确定”,即可运行。 查看分析结果 作业运行后,页面将跳转至“项目管理 > 作业”页面。您可以在该页面,查看作业的执行状态。单击作业名称即可进入作业详情页,查看运行进展和执行结果。 图2 作业详情 单击“概述”列按钮,在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用
若是想查看已经设置好的参数,可以按照下图步骤进行查看,同时若发现指定的参数有问题,也可再此处进行删除参数。 图11 删除参数 配置好参数后变可以单击右上角“启动作业”按钮进行启动作业,同时会跳转回作业列表。 图12 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果 在作业列表中,单击对应的作业名称,可查看作业运行状态,运行时间等信息。
Notebook安装Conda指导 打开Notebook,在“File”页签下选择“Terminal”。 图1 选择Terminal 下载和安装Anaconda。 获取Repository和Anaconda安装包。 Repository: https://repo.anaconda.com/archive/index
创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接容器镜像服务操作,然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。
运行大规模虚拟药筛任务 药物数据输入格式说明 订阅Docking Summary流程 新建研究 查看药筛结果 查看药筛作业和结果下载
单击每个Model的按钮,可以收藏构象,收藏后可直接在收藏夹页查看。 图3 靶点优化结果页面 图4 靶点优化结果查看轨迹 查看靶点优化作业详情 在“作业中心”单击作业名称,单击“作业信息”页面。可以查看作业的参数和运行信息。 图5 靶点优化结果详情 父主题: 靶点发现
查询模板详情 功能介绍 查询模板详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{
、下划线“_”、中划线“-”和空格,首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后,可在作业中心单击该作业查看输出结果。 单击按钮,可以收藏分子搜索结果,收藏后的结果可直接在收藏夹页查看。 图2 作业中心 图3 输出结果(1)
64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度:5 最大长度:64 labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1
64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度:5 最大长度:64 labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1
summary:汇总分子对接结果。 图4 数据路径和流程图 图5 设置数据库 设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,允许取消、强制停止或删除。 图6 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点图呈现,并统计出结合能的均值和标准差。单击热点图,可查看详细的3D分子对接结果、结合能排序、药物注释信息。