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对于pod配置,暂不支持用户侧设置。若用户侧设置的情况下可能会导致对应Process执行失败。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#pod 对于publishDir配置,用户侧设置时需要使用一定的技巧。目前测试结果表明下面两种写法是可行的,
文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表7 BindSiteDto 参数 参数类型 描述 name String 靶点名称,只能设置为target1或者target2。 最小长度:1 最大长度:128 receptor ReceptorDrugFile object 受体文件。
MD:平衡步骤模拟的时长,范围支持0<时长≤50ns,默认是50ns。 配置作业配置,单击“提交”。 名称:设置作业名称。 标签:设置作业标签。 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。 图2 设置靶点优化MD配置页面 查看靶点优化结果 单击作业名称,进入作业结果页面,拟时结果根据构象RMSD聚类。
项目简介 项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。您可
免误删造成损失。 在“数据”页面单击“归档”,进入归档数据页面。 图1 选择归档 填写归档的参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 设置归档数据的名称。归档名称长度为1-100。 描述 归档数据描述信息。 归档类型 选择归档数据存储类型。默认为标准存储。 标准存储:适合高性能,高可靠,高可用,频繁访问场景。
由于molstar插件自身问题,部分靶点文件中存在REMARK行,会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将
骨架搜索是通过设置分子骨架搜索具有相同骨架的分子。 选择数据库:最多可选择10个数据库。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。 输出个数:输出个数越多,任务时间越长。 作业名称:设置作业名称。长度为5
拥有平台所有的权限,并进行用户管理,在平台添加子用户,以及对资源管理权限,包含有存储计算资源的购买和删除,自动扩缩容的策略配置权限。 操作员 拥有除用户管理、系统设置、设置商标、购买系统资源之外的所有权限。 购买平台的账户为管理员账户,该账户不可被删除。 管理员可以创建子用户,并将子用户授权为管理员。子管理员同样具备“用户管理”功能。
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
新建研究 进入“专题”页面,单击“新建研究”。 图1 新建研究 参考表1,设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好,并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
作业清理配置 获取作业配置 设置作业配置 父主题: 系统管理
最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 count Integer 归档设置记录总数 configs Array of GetArchiveConfigRsp objects 配置项 表4 GetArchiveConfigRsp
task-4-qvina-w:分子对接。 task-5-docking summary:汇总分子对接结果。 图4 数据路径和流程图 图5 设置数据库 设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,允许取消、强制停止或删除。 图6 运行状态 查看执行结果 药物和
图1 AI模型 单击“创建模型”,设置相关参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 模型名称。 长度为5-32个字符,首位需以英文字母开头,仅可以使用字母、数字、下划线“_”和中划线“-”和空格。 描述 设置模型的描述信息。 基模型 设置基模型,基模型与分子描述符有关。选择不同的基模型,分子描述符不一样。
选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“autogenome”镜像。 CPU 设置CPU为8.0核。 GPU 设置GPU为1.0。 内存 设置内存大于50G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。 您可以导入本项目或使用其他项目中的数据生成数据库。 选择好文件后,通过设置数据的分隔符、跳过的行数来设置有效数据的起始位置。 常见的分隔符有“;”、“,”、“\t”,除此之外您也可以使用其他分隔符。以图1为例,分隔符为制表符,创
节点标签管理 设置节点标签 获取节点标签集 获取节点标签集 获取预置标签列表 父主题: 系统管理
则后面就不会对其进行FEP计算。在相似度返回之前,您也可以直接选择配体对进入下一步。 图4 选择计算路径 单击“下一步”,进入FEP设置页面,设置相关参数。 时间步长:默认值:0.002,取值范围:0.001 ≤ dt ≤ 0.005,单位:ps。分子动力学模拟的步长,建议不超过0
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