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是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id
登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。 图2 复制数据 引用数据 引用数据可以引用其他项目中或对应的obs桶的数据。引用的数据不能在
强制操作,不进行询问提示,上传文件夹时可选。 --flat -l 否 上传文件夹时,只上传该文件夹下的所有内容,上传文件夹时可选。 --update -u 否 增量上传操作,设置该参数后上传每个文件时会比对平台数据路径中的文件,仅在以下情况时上传数据: 文件不存在。 待上传文件大小不与平台文件大小一致。 文件的最后修改时间不一致。
流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。 图1 流程设计器界面 表1 界面说明 区域 说明 工具栏 上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。
String 离子种类,支持选择NaCl、MgCl2、None,若设置了平衡电荷不支持选择None。 缺省值:NaCl ion_concentration Float 离子浓度,单位mol/L,若离子种类设置为None离子浓度不支持设置。 最小值:0 最大值:5.0 缺省值:0.15 表7 ReceptorDrugFile
平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 个人设置 图4 平台ID 父主题: 配置命令行工具
用户指南(基因平台) 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境(Notebook) 大规模药物虚拟筛选
指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 从医疗项目中引用数据 health import data eihealth-project-name:/path1/
离子种类,支持选择NaCl、MgCl2、None,若设置了平衡电荷不支持选择None。 缺省值:NaCl ion_concentration 否 Float 离子浓度,单位mol/L,若离子种类设置为None离子浓度不支持设置。 最小值:0 最大值:5.0 缺省值:0.15 表6
使用绝对路径即可,如:health ls /abc/。 --limit -l 否 列举查询结果的最大个数,小于等于0表示列举所有结果,不设置时默认为最大值1000。 引用数据会列举全部,不受该参数影响 。 --simple -s 否 以精简格式显示查询结果,返回结果只包含对象名。
最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token
强制操作,不进行询问提示,批量下载时可选。 --flat -l 否 批量下载时,不包含上一级父对象名前缀,批量下载时可选。 --update -u 否 增量下载操作,设置该参数后,下载每个文件时会比对本地的文件,仅在以下情况时下载数据: 文件不存在。 下载文件大小与本地文件大小不一致。 文件的最后修改时间不一致。
--crr -c 否 复制时使用客户端跨区域复制模式,从通过数据流的方式从源桶直接复制数据到目标桶,且两个桶可以是任意两个OBS服务的桶。 若设置了该参数,必须确保更新了配置文件中客户端跨区域复制的相关配置信息,具体可参考更新配置文件。复制时源桶对应的配置信息为配置文件中的:akCr
选择的属性包含在我们所设置的参数设置区间内。“最大化”指的是我们所设置的属性越大越好,而不只是限定在某区间内,当我们无法判断属性应该设置在什么区间,但是属性越高,成药性越好,可以设置属性设置条件为最大化,这个只能在弱约束里面进行设置。“最小化”指的是所设置的属性越小越好,与最大化相反,也是只能在弱约束里面进行设置。
长。 图3 靶点设置 图4 Target1设置 图5 Target2设置 图6 靶点设置完成 通过“靶点设置”上传靶点,并且设置对接口袋。 此处靶点设置为可选参数,如果选择靶点设置,可以将对接活性作为一个约束条件进行分子优化。靶点1对应的约束条件是target1_binding_
消息中心管理 获取消息列表 统计消息信息 获取用户邮件配置 设置用户邮件配置 邮箱连通性测试 获取消息邮件配置 设置消息邮件配置 删除消息邮件配置 获取消息清理规则 设置消息清理规则 获取通知消息列表 批量删除通知消息 批量更新消息 父主题: 系统管理
示已选择90个用户。 如果导入后用户状态显示异常,需联系技术支持处理。 单击“下一步”,设置角色。 角色:支持管理员和操作员两种角色,默认为操作员。权限描述可以参考表2。 用户资源配额:设置用户的个人资源配额。详细请参考个人资源配额。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,
Nullable cannot be set for columns that are set as primary keys. 检查设置为主键的列是否设置为允许为空。 400 eihealth.01040004 The uploaded template cannot be empty
在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台新建应用过程一致。模板修改好后,再使用命令行工具上传模板,创建应用。 修改模板时,需填写镜像地址,获取方法请参见获取镜像地址。镜像制作和上传方法请参见镜像管理和创建FastQC应用样例。 # 详情说明可参考API文档中应用管理-创建应用 app: name: