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h平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板灵活的定义数据结构,描述数据及其关系。数据库以项目为粒度进行资源的隔离和访问控制,不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。
“密码”。 “角色”分为管理员和操作员。权限区别请参见表 用户权限。 图2 必填信息 选填信息。选填信息包括“邮箱”、“国际电话区号”、“手机号码”、“用户资源配额”。 图3 选填信息 单击“确认”,完成子用户创建。 父主题: 用户管理
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚
用户权限介绍 表1 用户权限说明 用户类别 权限 最终租户 创建用户、导入用户、删除用户、编辑角色、邮箱和手机号、重置密码、移除用户。 系统管理员 创建用户、导入用户、删除用户、编辑角色、移除用户。 非系统管理员 无相关编辑权限。 父主题: 用户管理
如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令使用命令行工具。
本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。 图1 药物筛选之旅 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用,支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2020年11月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 平台界面风格更新,新
角色类型:管理员(ADMIN)、操作者(OPERATOR) status String 状态 email String 用户邮箱,需符合邮箱格式 phone String 用户手机号,纯数字,长度小于等于32位。必须与国家码同时存在。 areacode String 国家码。中国大陆为“0086” is_domain_owner
角色类型:管理员(ADMIN)、操作者(OPERATOR) status String 状态 email String 用户邮箱,需符合邮箱格式 phone String 用户手机号,纯数字,长度小于等于32位。必须与国家码同时存在。 areacode String 国家码。中国大陆为“0086” is_domain_owner
th所在目录。 cd /home/user-name/test/client/ 图3 客户端 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。macOS执行命令和linux一致, 如果当前目录为health所在目录,可以使用
获取路径。 cd /d d:\demo 图2 cmd窗口输入health命令 图3 获取路径 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。macOS执行命令和linux一致, 如果当前目录为health所在目录,可以使用
态的计算节点,将无法在此节点运行作业。 通过“新建流程”时创建 在“工具”页面,单击“新建流程”,填写流程信息。请参考新建流程操作。 流程搭建完成后,单击“新建作业”。 图1 新建作业 在新建作业弹窗中单击“确定”。 图2 新建作业 在弹出的作业设置页面,填写作业信息。“作业名称
由一个应用组成。 您可以使用该工具创建流程,并进行修改、删除、查询、导入操作。对于由多个应用构成的流程,可通过设置不同应用的输入、输出关系搭建为流程。 作业管理 您可以使用该工具启动分析作业,并进行查询、删除、重试、取消操作。 notebook 您可以使用该工具创建noteboo
最大长度:64 email 否 String 用户邮箱,需符合邮箱格式 最小长度:0 最大长度:128 phone 否 String 用户手机号,纯数字,长度小于等于32位。必须与国家码同时存在。 最小长度:5 最大长度:32 areacode 否 String 国家码。中国大陆为“0086”
单击“立即创建”,完成fastqc应用的创建。 创建完成后的应用,将显示在应用列表中,您可以使用该应用创建分析作业。 图5 查看应用 步骤4:搭建流程、运行作业 进入“工具 > 流程”页面,点击“新建流程”进行新建流程,填写好流程名称,流程版本等信息。 图6 新建流程 将fastqc
形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出,对于由多个应用搭建出来的流程,命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系,完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程,创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。
如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 图2 客户端 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放置所需的目录下,例如: 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令执行命令行工具。
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一
eihealth.01010047 The mobile number or email address is already used. 请更换一个手机或邮箱。 400 eihealth.01010048 Incorrect verification code. 请检查验证码是否正确。 400
式(此时Cell中有光标,可以进行代码编写)。在命令模式下,按下“Enter”键或者鼠标单击代码框可以进入编辑模式。在编辑模式下,按下“ESC”键或者鼠标单击代码框左侧区域即可进入命令模式。 删除文件或文件夹 如果需要在Notebook中删除文件或文件夹,您可以在“Files”列