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快照方式制作镜像示例: 本示例中使用华为云弹性云服务器服务(ECS)创建一台云服务器,并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后,在云服务器列表页,选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”,输入ECS初始账号,登录ECS。 图1 云服务器列表 安装容器引擎。 启动一个空白的基础容器,并进入容器。
作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 cpu_type 否 String cpu架构类型,不填默认X86 最小长度:0 最大长度:24 memory 否 String 内存申请使用量,取值范围[0.1-307
HTTP请求方法 方法 说明 GET 请求服务器返回指定资源. PUT 请求服务器更新指定资源。 POST 请求服务器新增资源或执行特殊操作。 DELETE 请求服务器删除指定资源,如删除对象等。 HEAD 请求服务器资源头部。 PATCH 请求服务器更新资源的部分内容。当资源不存在的时
镜像类型 选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“genomeagent”镜像。 CPU 设置CPU为4.0核。 GPU 设置GPU为0。 内存 设置内存大于8G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
FlavorInfo 参数 参数类型 描述 cpu Float notebook占用的cpu,0.1核为100m,单位为"C" 最小值:1 最大值:128 缺省值:1 gpu Float notebook占用的gpu,0.1为使用单卡10%,1为占满单个显卡,1+为使用多个显卡 最小值:0
FlavorInfo 参数 参数类型 描述 cpu Float notebook占用的cpu,0.1核为100m,单位为"C" 最小值:1 最大值:128 缺省值:1 gpu Float notebook占用的gpu,0.1为使用单卡10%,1为占满单个显卡,1+为使用多个显卡 最小值:0
见获取镜像。 CPU 设置CPU大小。 取值范围:1~128,默认为1。 GPU 设置GPU大小。 取值范围:0~16,默认为0。 内存 设置内存大小。 取值范围:2~512,默认为2。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果
String CPU限制值 memory String 内存限制值 表13 TaskInstanceSpecConResRequestRsp 参数 参数类型 描述 cpu String CPU申请值 memory String 内存申请值 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK
project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 id 是 String 云服务器ID 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是
Turbo加速,在投递作业时可以选择“IO加速”。 降低通量运行,进而降低带宽、IO需求,使得带宽、IO满足生产需求。 优化软件算法,如使用内存做缓存等,降低软件的IO需求。 针对特定的项目,对带宽或IO性能进行扩容。 提交工单或联系服务技术支持。 父主题: 流程、作业
${sorted-bam} && samtools flagstat ${sorted-bam} -@10 > ${flagstat-file} CPU、内存和GPU CPU架构:X86 CPU需求:0.1 Memory:0.1 GPU类型:无 GPU需求:0 CPU架构:X86 CPU需求:16
默认值:80。 执行动作:设置当达到触发条件时,增加的节点个数。取值范围:1-50。默认值:1。 内存执行规则 设置内存自动扩容的条件。 启用规则:默认开启。 触发条件:设置内存分配率达到的条件,当满足设置的条件时进行自动扩容。取值范围:1-100。默认值:80。 执行动作:设
最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 server String 服务器地址 subject_prefix String 展示名 user_name String 用户名 email String 邮箱 language
镜像类型 选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“autogenome”镜像。 CPU 设置CPU为8.0核。 GPU 设置GPU为1.0。 内存 设置内存大于50G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 cpu_type 否 String cpu架构类型,不填默认X86 最小长度:0 最大长度:24 memory 否 String 内存申请使用量,取值范围[0.1-307
${genomedir} --noextract -o ${outputdir} ${input} 图3 镜像信息 选择CPU、GPU类型和大小,选择内存大小,内存单位为GB。 CPU架构依赖于制作镜像过程中选择的系统类型,以及制作镜像时所需的生物信息学软件支持在X86还是ARM上运行。例如,GA
oken。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 server 是 String 服务器地址 最小长度:1 最大长度:128 subject_prefix 否 String 展示名 最小长度:0 最大长度:128 user_name
1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 memory: '0.1G' # 内存申请使用量,取值范围[0.1-3072],单位G,支持一位小数。对于
参数类型 描述 code String 规格编号 name String 规格名称 cpu Integer 核数 ram Integer 内存 max_connections Integer 最大连接数 disk_space Integer 存储空间 sold_out Boolean
cpu_quota Integer 作业的CPU资源配额,单位核 最小值:1 最大值:1024 mem_quota Integer 作业的内存资源配额,单位GB 最小值:1 最大值:1024 projects_per_user Integer 用户可创建项目数配额 最小值:0 最大值:20