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了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何通过循环读取输入数据,批量运行NGS。同时,您也可以参考本示例,将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。 配置命令行工具 批量执行分析需要通过
终端节点 终端节点(Endpoint)即调用API的请求地址,不同服务不同区域的终端节点不同,您可以从地区和终端节点中查询服务的终端节点。 医疗智能体平台的终端节点如表1所示,药物设计、临床研究的终端节点如表2所示,请您根据业务需要选择对应区域的终端节点。 表1 终端节点(医疗智能体平台API)
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划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目,不支持立即删除,会进入待删除项目列表。删除项目需要等待7天保留期,到期后系统自动删除。 说明: 一旦设置为核心项目,不可变为非核心项目,非核心项目支持变为核心项目。 标签 设置项目标签。 描述 设置项目描述。 数据保护策略 数据保护策略介绍请参见数据控制与数据审计。
选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“autogenome”镜像。 CPU 设置CPU为8.0核。 GPU 设置GPU为1.0。 内存 设置内存大于50G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
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模型名称,取值范围:[5,32],允许大小写字母、数字、下划线(_)、中划线(-)和空格,只能以字母开头。 最小长度:5 最大长度:32 description 否 String 模型描述信息。 最小长度:0 最大长度:1024 type 是 String 模型类型。 枚举值: binary
选择“作业>分析作业>Nextflow”,单击“新建作业”。 设置作业参数。 作业名称:设置作业名称。名称长度为1-63,只允许出现中划线、字母和数字。 标签:设置作业标签。最多可以设置5个。 描述:作业描述。 流程名称:选择已创建的流程,如果还未创建,可参考新建流程进行创建。 优先级:设置作业优先级。在资源充足的情
TaskInstanceStatusRsp 参数 参数类型 描述 phase String 实例执行状态 pod_ip String 实例IP host_ip String 实例所在节点IP host_name String 计算节点的名称 start_time String 实例创建时间 container_statuses
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