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上传应用 通过在本地修改应用的yaml模板，上传应用至项目中。 获取应用yaml模板。 单击“上传应用”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.tx
上传流程 通过在本地修改流程的yaml模板，上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或
块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”，进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括： 本地分子结构的3D可视化，支持多种显示样式，支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。 大分子支持PDB编号自动下载。 相互作用的可视化。 支持分子的编辑、标注。 测量、测量距离、角度、二角面等。
请将该模板保存为.yaml格式至本地，并在本地完成模板修改。例如，命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业 运行分析作业时，流程中的每一个应用称之为一个任务（Task），通过循环读取Task的输入数据，可以实现作业的批量执行。 例如，您可以在本地创建.bat格式的批处理文件，执行该脚本即可批量运行NGS分析作业。
图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2：订阅数据 若您本地有需要分析的二代基因组数据，则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。 若没有，可以先订阅资产市场里的示例数据进行分析，这里先用资产市场中的“人类基因组数据”和“NGS小数据集”进行分析。
整的计算工作流，一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器，您可以拖拽工具到画布中，可视化链接各应用，指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。 图1 流程设计器界面 表1
参数--log的优先级高于--file。如果命令中同时包含参数--log和--file，默认只执行--log。 --file -f 否 本地文件夹路径及自定义文件名称，下载详细数据作业执行日志到本地，需要与data-job-id一起使用。 --finish-from-time -x 否 查询提供时间之后的所有任务。例如，2006-01-02
步骤1：安装容器引擎 在制作自定义镜像时，您需要准备一台安装有Docker的机器。请使用自己的电脑搭建Docker环境，或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如，在Linux操作系统下，可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker
fastqc命令进行搜索镜像。 若dockerhub上没有想要的镜像，可以利用基础的操作系统镜像进行构造，构造方式请参见用户指南。 选择和获取镜像。 搜索到的镜像列表中选择一个fastqc镜像进行pull，这里我们选择pegi3s/fastqc。 pull镜像。 若该镜像没有lastest版本则需进入dockerhub官网进行查询。
获取供应商logo和名称设置 使用get命令获取供应商logo和名称配置，默认将供应商logo图片下载到本地路径。 命令结构 health get vendor-config [flags] # 其中vendor-config可简写为vc 命令示例 本节以Windows为例介绍e
流程，创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板 使用health get workflow -s命令获取创建流程的模板，复制模板并保存到本地，您可以保存成.yaml或txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 在本地编写模板，模板填写好后，再使用
为源项目名称，可选。不指定srcproject时，默认为当前项目。例如GATK:4.0:projectname。 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。 --summary -s 否 应用的简要描述。 --description -d 否 应用的详细描述。 --commands
创建应用，创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。 获取应用模板 使用health get app -s命令获取创建应用的模板，复制模板并保存到本地，您可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 在本地编写模板，模板中的参数与在EIHe
在“数据”页面，使用“复制”，将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击“复制”。 图2 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹，以及数据存储路径，单击“确认”，复制数据。 例如，将“test.zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图3 复制数据
如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录，请使用cd命令切换路径。例如，切换至D盘： cd /d d: 使用Linux版本命令行工具时，您需要在本地搭建Linux环境，并将下载的health文件放至所需的目录下。 如果当前目录为health所在目录，可以使用./health命令使用命令行工具。
workflow ID [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 流程id。 --workflow -w 否 本地workflow文件路径，可以是zip或nf文件。 --description -d 否 workflow的详细描述信息。 --labels
状态码： 200 表3 响应Header参数 参数 参数类型 描述 X-Resource-Mappings String 业务id与资源id的映射关系 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 count Integer 总数 resources Array of DatabaseResourceRsp
宫颈癌细胞病理筛查API支持直接使用华为云OBS服务进行数据的存储，以减少服务使用成本，降低服务的响应时长，提升服务使用的体验。 考虑到数据的安全，服务无法直接获取到用户数据，需要用户开启OBS的公共读授权。 开启公共读权限 开启公共授权，则数据全网可见，所有用户均可访问。
数据管理命令 列举对象 显示当前目录 切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步
<job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业ID -- params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径 命令示例 health nextflow retry job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1
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