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作业的输入&输出、节点参数、应用;在作业的子任务中可以查看日志、事件;在事件页签,可以查看实例的事件详情、下载YAML文件、查看监控。如果并发执行了多个作业,则会产生多个子任务。 对于执行失败的作业,鼠标指向作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。同时,使用
201 表8 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建靶点口袋发现作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,时间步长为0.001ps
表11 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建靶点口袋发现作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,小分子片段文件为proj
表11 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建分子对接作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,口袋中心位置的值为[0,0,0],口袋尺寸大小为[10
表11 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建自由能微扰作业,作业名称为demo-job,受体文件为project:/dir/file,配体分别为GLY:A:514
应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务,快速实现基因组数据分析及AI建模,提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,基
inconsistent with the number of elements of reference parameter. 请检查流程子步骤中并发参数值的元素数量是否一致。 400 eihealth.01050116 The name of task {0} input parameter
表14 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建分子生成作业,输入方式为分子表达式,作业名称为demo-job,分子文件为project:/dir/file,靶点设置的受体文件为project:/test
表14 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建分子优化作业,作业名称为demo-job,分子SMILES表达式为string,靶点设置的受体文件为project:/test
分子属性预测 基于盘古药物分子大模型,预测化合物ADMET相关的80多种成药属性,有些属性的预测值会给出置信区间,更好地辅助分子设计。 单击“分子属性预测”功能卡片,进入配置页面。 图1 小分子配置页面 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。
约束与限制 使用区域限制 医疗智能体目前支持的区域为“华北-北京四”、“华东-上海一”、华南-广州。 盘古辅助制药平台仅在“华东-上海一”支持。 不同区域云服务产品之间内网互不相通;请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。 平台用户权限限制 EIHealth平台
导入用户 盘古辅助制药平台支持把IAM子用户导入至平台子用户。通过导入已有子用户,增加用户使用的便捷度,方便用户维护账号。 使用管理员账户登录盘古辅助制药平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 在用户管理页面,单击“导入用户”,进入“导入用户”页面。 在导入用户页面,可以选择“用户”或者“用户组”进行导入。
创建自动作业模板 功能介绍 创建自动作业模板 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
导入用户 EIHealth平台支持把华为云的IAM子用户导入至平台子用户。通过导入已有子用户,增加用户使用的便捷度,方便用户维护账号。 IAM用户导入只支持使用Domain用户导入。 使用管理员账户登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 图1 用户管理 在用户管
创建自动作业 针对存在需要批量创建分析作业的场景,您可以选择创建自动作业。 在“自动作业”页签,您可以查看已创建的自动作业,包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间;在操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件
&& ./configure --prefix=/usr/local/samtools && make && make install 按Esc键,并执行:wq保存并退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10
更新自动作业模板 功能介绍 更新自动作业模板 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs/{auto_job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
式(此时Cell中有光标,可以进行代码编写)。在命令模式下,按下“Enter”键或者鼠标单击代码框可以进入编辑模式。在编辑模式下,按下“ESC”键或者鼠标单击代码框左侧区域即可进入命令模式。 删除文件或文件夹 如果需要在Notebook中删除文件或文件夹,您可以在“Files”列
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。