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job_node_labels Array of strings 计算节点标签 请求示例 创建自动作业,自动作业名称为demo-auto-job,使用如下数据库,使用数据库列为user_name。 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{pr
先导化合物优化 在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。 父主题: 盘古辅助制药平台
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
基础配置:选择“计费模式”、“当前区域”。 集群类型选择“Elasticsearch”,输入集群名称。 图2 基础配置 节点规格:参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs | 8GB”,不支持“4 vCPUs | 8GB”。 节点存储:建议选择“超高I/O”。
Token认证 Token的有效期为24小时,需要使用同一个Token鉴权时,可以缓存起来,避免频繁调用。 Token在计算机系统中代表令牌(临时)的意思,拥有Token就代表拥有某种权限。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限。
图12 性能加速节点信息 购买数据库 使用数据库功能前,需要先购买数据库,数据库只能购买一个。 在“数据库”页面,单击“购买数据库”。 选择“数据库规格”、“性能规格”、“磁盘加密”、“计费模式”、“购买时长”、“购买数量”。 图13 购买数据库 数据库规格:选择“标准版”。 性能规格:根据您的需求选择规格。
使用rmi命令删除当前项目中指定镜像标签。 对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除,即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系,即只删除数据库记录。 命令结构 health docker rmi <project-n
概述 欢迎使用医疗智能体(EIHealth)平台,该服务基于华为云AI和大数据技术优势,为基因组分析、药物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。平台提供大量相关模型、算法及数据资源,是一站式的医疗研发平台。EIHealth以开放API的方式提供给用户,您可以根据本文档提供
包。 数据 人基因组数据 GRch38-reference数据集为人类基因参考基因组,广泛用于人类基因组分析中,如WGS、callvariants 等。数据集总大小约 13GB。 NGS大数据集 NA24385-raw数据集为NGS流程测试数据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约
可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移,并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的程序模型,因此不用自己去写复杂的并行化的程序,只需要关注“数据流”即可。流程中的每个process可以通过配置文件快速的定制并行执行的样本数目,大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。
分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
通过丰富的加速技术,实现算法工具的数倍加速,加速生物医疗大数据的分析。 平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成,各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。
生的软硬件一体化加速,大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。 全平台无需软硬件安装调试成本,开箱即用,随时可用。全平台包括盘古辅助制药赋能药物研发的全链条任务,将新药研发从“马拉松”迈向“加速跑”。 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。 单击参数名称,可查看参数的详细信息。 单击输入参数图标,可指定输入数据路径。输出数据路径在新建流程和运行分析作业时可指定。 新建流程
回归型:预测一系列连续变量的模型,主要侧重定量描述。 二分型:预测二分类离散变量的模型,主要侧重定性分析。 模型数据 选择模型数据。可选择数据中心数据,或者示例数据。 仅支持CSV格式,数据条数支持100-50000条,文件不大于5MB。 组织共享 如果关闭,则该模型只能自己使用。 如果开启
运行完成后可单击任务名称,查看对接结合能的热图。 热图的横坐标为蛋白质名称,以及对接结合能的均值和标准差。纵坐标为配体小分子名称,数值为结合能的大小,结合能越小,颜色越偏紫色。 可以根据结合能的大小进行排序,结合能越小代表配体和受体结合越稳定。 单击结合能数值,可查看详细对接结果。 第1
性能加速(可选) 当普通的计算资源不满足业务场景时,可以选择购买性能加速资源,加快算法的数据分析速度。 单击“购买性能加速”。选择包年包月或者按需,同时选择购买的性能盘大小。 图1 购买性能加速 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
SDF、PDB、MOL2格式。 受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB格式。 图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking
DELETE_DATA 数据删除。删除数据时给予消息提示,删除结果给予消息提示。 CLONE_DATA 数据拷贝。数据拷贝时给予消息提示,拷贝结果给予消息提示。 IMPORT_DATA 数据导入。数据导入时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 ARCHIVE_DATA 归档数据。归档数据时给予消息提示,归档结果给予消息提示。
作自定义应用,创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应用由其前后顺序关系形成数据流,前序应用为后序应用提供输入。医疗智能体基因组分析平台为您提供了多种分析流程,帮助您快速完成分析任务。