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入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚
String 内存物理规格描述信息 netcard_detail String 网卡物理规格描述信息 cpu_arch String 裸金属服务器的CPU架构类型 gpu_info String GPU信息 请求示例 查询计算资源规格 /v1/{project_id}/system/
初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 使用流程 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用,并将其编排调度,形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook,
支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用,支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2020年11月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 平台界面风格更新,新
如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令使用命令行工具。
本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。 图1 药物筛选之旅 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
th所在目录。 cd /home/user-name/test/client/ 图3 客户端 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。macOS执行命令和linux一致, 如果当前目录为health所在目录,可以使用
获取路径。 cd /d d:\demo 图2 cmd窗口输入health命令 图3 获取路径 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。macOS执行命令和linux一致, 如果当前目录为health所在目录,可以使用
由一个应用组成。 您可以使用该工具创建流程,并进行修改、删除、查询、导入操作。对于由多个应用构成的流程,可通过设置不同应用的输入、输出关系搭建为流程。 作业管理 您可以使用该工具启动分析作业,并进行查询、删除、重试、取消操作。 notebook 您可以使用该工具创建noteboo
息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用;在作业的子任务中可以查看日志、事件;在事件页签,可以查看实例的事件详情、下载YAML文件、查看监控。如果并发执行了多个作业,则会产生多个子任务。 对于执行失败的作业,鼠标指向作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。
单击“立即创建”,完成fastqc应用的创建。 创建完成后的应用,将显示在应用列表中,您可以使用该应用创建分析作业。 图5 查看应用 步骤4:搭建流程、运行作业 进入“工具 > 流程”页面,点击“新建流程”进行新建流程,填写好流程名称,流程版本等信息。 图6 新建流程 将fastqc
开通服务 本章节分别介绍开通医疗智能体平台API、开通药物设计和临床研究API的相关操作。 开通医疗智能体平台API 进入EIHealth控制台,购买医疗智能体平台成功后,医疗智能体平台API自动开通成功。 开通AI辅助药物设计和临床研究API 进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华东-上海一”。
形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出,对于由多个应用搭建出来的流程,命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系,完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程,创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。
态的计算节点,将无法在此节点运行作业。 通过“新建流程”时创建 在“工具”页面,单击“新建流程”,填写流程信息。请参考新建流程操作。 流程搭建完成后,单击“新建作业”。 图1 新建作业 在新建作业弹窗中单击“确定”。 图2 新建作业 在弹出的作业设置页面,填写作业信息。“作业名称
如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 图2 客户端 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放置所需的目录下,例如: 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令执行命令行工具。
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一
认证鉴权 调用接口有如下两种认证方式,您可以选择其中一种进行认证鉴权。 Token认证:通过Token认证通用请求。 AK/SK认证:通过AK(Access Key ID)/SK(Secret Access Key)加密调用请求。 Token认证 Token的有效期为24小时,需
购买服务 前提条件 注册华为账号并开通华为云,并进行账号实名认证。购买服务时,账号不能处于欠费或冻结状态。 购买服务时,需使用华为主账号购买。如果不确定账号类型,可登录账号中心查看所属账号是主账号还是子账号(IAM账号)。 在账号中心左侧导航栏中有“我的主账号”页签,则说明是子账
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计费说明 计费模式 基因平台 基因平台提供包年包月、按需两种计费方式,您可以按需求进行选择,计费详情请参见价格计算器。 盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台提供包年包月、按需两种计费方式,您可以按需求进行选择,计费详情请参见价格计算器。 OBS数据下载 OBS数据下载产生的流量费用