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平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 EIHealth平台使用容器镜像服务(Software
String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 main 否 Boolean 配体是否为主要配体,在中心模式下,必须指定1个主要配体。 缺省值:false 响应参数 状态码: 201 表5 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 任务ID。
144000],单位:分钟,默认数值1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则已指定路径为准;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\
id,不填写时表示获取notebook列表,填写时表示获取notebook详情。 --url -u 否 获取打开notebook的地址。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
144000],单位:分钟,默认数值1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则以指定路径为准;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\
单击“镜像”,在镜像列表中查看已上传的镜像。 图1 镜像列表 【可选】单击“镜像类型”,对上传的镜像进行分类。 上传镜像时如果上传命令中未指定镜像类型,新上传的镜像默认显示为“OTHER”,您可以将镜像标记为“APP”或“NOTEBOOK”。 APP:用于创建应用的镜像。 NOT
单击作业页面的“新建作业”按钮,并选择需要运行的流程。这里作业名称可以用默认的名称,也可自己更改一个名称。同时,若想比较好的方式管理输出文件,也可以自行指定输出路径。 图6 新建作业 在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。
获取任务实例详情时,设置任务实例详情下载路径。 --yaml -y 否 获取任务实例详情时,以yaml格式输出任务实例详情(默认json格式)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。EIHealth平台使用容器镜像服务(Software
不需要填写资源id 最小长度:1 最大长度:128 device_id 否 String 显卡id,仅查询裸金属节点的gpu监控时,需要指定 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表3 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String
144000],单位分钟,默认1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 流程的当前工作目录,默认为根目录,用户可显式指定;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\ : ; * ? < " >
String 用户名 status String 删除结果 failed_reason String 失败原因 请求示例 批量移除项目成员,指定需要移除的成员的用户id https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{projec
进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query参数 参数 是否必选 参数类型 描述 path 是 String 指定文件夹(路径) 最小长度:0 最大长度:2000 limit 否 Integer 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为100,取值范围[1
如果当前目录不是health所在目录,需要使用绝对路径。如当前目录为/opt,假设health存放在/root/health-toolkit/下,需要指定/root/health-toolkit/health路径进行使用。 如果无法运行,提示Permission denied,使用chmod
如果当前目录不是health所在目录,需要使用绝对路径。如当前目录为/opt,假设health存放在/root/health-toolkit/下,需要指定/root/health-toolkit/health路径进行使用。 如果无法运行,提示Permission denied,使用chmod
流程针对GATK4中的限速步骤,进行了系统的优化加速。流程从contig-file中提取contig,根据contig下发对应的任务,并依据不同任务,指定并行下发的任务数,以降低流程整体的运行时间。 流程执行信息 NGS流程由fastp、bwa-mem、picard-insertsize、q
表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id 请求示例 创建Nextflow作业,作业名为demo-job,指定id为caadcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1的流程 https://eihealth.cn-north-4
响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String study作业id 请求示例 创建药筛作业,指定已创建的流程作业id、数据库模板id、数据库名称、生成结果的相对路径、输出文件类型 https://eihealth.cn-north-4
144000],单位:分钟,默认数值1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则以指定路径为准;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\
144000],单位分钟,默认1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 流程的当前工作目录,默认为根目录,用户可显式指定;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\ : ; * ? < " >