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生成相互作用2D图 功能介绍 生成相互作用2D图，若不提供配体文件，则受体文件中必须包含配体；若提供配体文件，则受体中的配体（若有）则会被忽略。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/d
会满足这几个官能团。 如果需要设置相互作用力的约束，可以在约束条件中设置“Interaction”，然后选择“包含”或者“排除”，包含相互作用力或者去除相互作用力。在相互作用力约束条件设置中，可以选择相应的靶点、氨基酸和相互作用力，相互作用力支持H bond，Hydrophobic，Salt
Viewer页面即可操作。 主要功能包括： 本地分子结构的3D可视化，支持多种显示样式，支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。 大分子支持PDB编号自动下载。 相互作用的可视化。 支持分子的编辑、标注。 测量、测量距离、角度、二角面等。 结构叠合，将不同结构叠合在一起，用于比较结构差异。 输出指定蛋白口袋的位置及大小，用于分子对接。
CPI预测 CPI预测基于蛋白质的一级序列和化合物的2D结构进行靶点匹配，精确的预测化合物-蛋白相互作用。 单击“CPI预测”功能卡片，进入配置页面。 配置靶点文件。 支持3种输入方式，分别是输入氨基酸序列、选择文件、输入PDB ID 输入FASTA格式氨基酸序列，输入框最多支持
单击可以按照属性以及相互作用力进行高级筛选。 图6 高级筛选 单击“查看3D”可以看到小分子和靶点的对接构象。 图7 查看3D 单击配体对比，可以计算对接后的构象与输入小分子的RMSD值和输入小分子和靶点的相互作用2D图。 图8 设置配体对 图9 配体对接结果图 单击查看2D相互作用图，可以看
图2 查看靶点口袋发现结果 图3 查看靶点口袋发现运动轨迹 查看2D相互作用图。 在“作业中心”单击作业名称，在输出结果页面右侧口袋列表，单击口袋后面的图标，然后单击查看2D相互作用图即可。 图4 查看2D相互作用图 查看作业信息图。 在“作业中心”单击作业名称，单击“作业信息”页面。可以查看作业的参数和运行信息。
分子优化及合成路径分析）、与原始分子属性对比（仅支持片段优化的属性对比）、查看分子与靶点的2D相互作用、下载2D相互作用图片，下载3D分子结构、收藏结果等多项功能。 支持按照相互作用力进行高级筛选，单击进行条件配置。 可以以列表的形式查看口袋分子的作业，单击“下载”，下载分子的基本信息和属性或者分子3D构象。
查看详情：可以查看每个分子的属性信息，score和similarity。 查看属性：查看每个配体的分子属性。 查看2D相互作用图：查看配体中分子之间的2D相互作用图，并且可以进行图片下载。 下游分析：分子优化对应的下游分析为分子搜索、分子优化和合成路径，如果分子设置了靶点，可以选择
功能模块 靶点发现 苗头化合物发现 先导化合物优化 通用工具 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
genomeagent镜像功能点介绍 此章节介绍genomeagent镜像的基本功能。 功能点1：自动生成任务计划、自动生成子步骤代码 功能点2：自动提交EIFlow代码任务 功能点3：报错时自动修正 报错时自动修正 报错时用户介入修正。 功能点4：特定步骤中断（人为or非人为），前序步骤状态继承，重新执行中断步骤
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下，单击右上角“Open JupyterLab”，然后选择“Terminal”，进入Terminal界面。 图1 Terminal
interactions Array of Interaction objects 相互作用力列表。 数组长度：1 - 8 exclusive Boolean 是否排除指定的约束作用力。 operator String 多个作用力之间的逻辑关系。 枚举值： or and 表14 Interaction
interactions Array of Interaction objects 相互作用力列表。 数组长度：1 - 8 exclusive Boolean 是否排除指定的约束作用力。 operator String 多个作用力之间的逻辑关系。 枚举值： or and 表14 Interaction
通用工具 MOL 3D Viewer MOL Editor 聚类分析 父主题： 功能模块
是 Array of Interaction objects 相互作用力列表。 数组长度：1 - 8 exclusive 是 Boolean 是否排除指定的约束作用力。 operator 否 String 多个作用力之间的逻辑关系。 枚举值： or and 表13 Interaction
是 Array of Interaction objects 相互作用力列表。 数组长度：1 - 8 exclusive 是 Boolean 是否排除指定的约束作用力。 operator 否 String 多个作用力之间的逻辑关系。 枚举值： or and 表13 Interaction
靶点发现 靶点口袋发现 靶点优化 父主题： 功能模块
苗头化合物发现 分子对接 分子属性预测 分子搜索 CPI预测 分子生成 父主题： 功能模块
先导化合物优化 分子优化 靶点口袋分子设计 自由能微扰 合成路径规划 父主题： 功能模块
MOL Editor Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构，以及编辑分子结构。 单击“功能模块 > 通用工具 > MOL Editor”，进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”，将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题：
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