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使用AutoGenome镜像 AutoGenome是Notebook镜像，利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索，训练，评估，预测和解释的工具包。 使用AutoGenome镜像的详细步骤如下所示： 步骤1：订阅镜像 步骤2：创建Notebook
AI基因组研究 父主题： 图解医疗智能体
重命名。 --recursive -r 否 按指定的对象名前缀批量下载，批量下载时必选。 --force -f 否 强制操作，不进行询问提示，批量下载时可选。 --flat -l 否 批量下载时，不包含上一级父对象名前缀，批量下载时可选。 --update -u 否 增量下载操作，设
去金属离子：去掉受体蛋白里面的金属离子。 去水、去金属离子参数默认是勾选状态，若上传的受体中包含配体，提交任务时系统会自动删除配体。 单击“应用全局"，可以对受体进行批量处理。 单击“下一步”，进入配体预处理页面。 单击“上传配体”后的，选择配体文件。 配体文件仅支持输入1个文件。 配体支持SDF、MOL2、PDB、
将其他项目或本项目的数据，复制到本项目中，并可在本项目中操作该数据。 单击数据中心右上角“复制”。 选择需要复制的项目数据，选择导入数据的路径。 您可以选中多个文件夹进行批量复制。 复制数据时可单击图标创建文件夹。 图2 复制数据 单击“确认”，复制其他项目中的数据至本项目。 引用数据 将其他项目或OBS桶中的
详细项目成员角色和权限介绍请参见成员角色和权限。 图7 移除、修改项目成员 选中成员，单击“移除”，将成员从项目中移除。选中多个成员，可进行批量移除，一次最多选中五个成员。 成员角色和权限 在项目中，成员可以划分为5种不同的角色。详细角色介绍请参考表 项目成员角色，详细角色权限请参考表
将其他项目的数据，复制到本项目中，并可在本项目中操作该数据。 单击“添加数据”，类型选择“复制”。 选择需要复制的项目数据，选择导入数据的路径。 您可以选中多个文件夹进行批量复制。 复制数据时可单击图标创建文件夹。 图2 复制数据 单击“确认”，复制其他项目中的数据至本项目。 引用数据 将其他项目或OBS桶中的
QED：代表分子的成药性。 SaScore：代表合成可及性分数，旨在评估分子的合成难易程度。 聚类分析 目前分子属性预测返回的结果小分子数较多，无法进行批量分析，通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证，提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一
查看执行结果 作业运行完成后，可以在“作业中心”页面，单击作业名称，查看输出结果和作业信息。 输出结果 当作业执行成功后，可以在作业中心页面，单击作业名称，查看输出结果。 在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息，可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图
NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前，请先参考上传数据，上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关，可以设置多个参数值，批量执行作业。 数据上传完成后，在流程设计器页面，分别单击应用参数左侧图标，设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。 表1
断点记录文件会被自动删除；分段任务执行失败或被中断后，下次执行该分段任务时会尝试通过对应的断点记录文件恢复任务。 --jobs -j 否 批量复制时的最大并发数，默认为配置文件中的defaultJobs。 --exclude -x 否 不包含源对象的匹配模式，如：*.txt。 支持“*”匹配多个任意字符和“
Content 重置内容，服务器处理成功。 206 Partial Content 服务器成功处理了部分GET请求。 207 Multi status 批量操作部分成功部分失败 300 Multiple Choices 多种选择。请求的资源可包括多个位置，可返回一个资源特征与地址的列表用于用户终端（例如：浏览器）选择。
查看药筛结果 药筛运行状态可在“专题”页面查看。 图1 查看运行状态 运行完成后可单击任务名称，查看对接结合能的热图。 热图的横坐标为蛋白质名称，以及对接结合能的均值和标准差。纵坐标为配体小分子名称，数值为结合能的大小，结合能越小，颜色越偏紫色。 可以根据结合能的大小进行排序，结合能越小代表配体和受体结合越稳定。
url获取方法 在Notebook列表页面，按F12键打开，切换至Network页签。 单击页面右侧按钮，在Network页签的“Name”列单击“notebooks?offset=0&limit=10”，右侧展开代码行，在“url”行获取url链接，如下图所示。 图1 获取url
创建自由能微扰作业 功能介绍 创建自由能微扰作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
自动删除；分段任务执行失败或被中断后，下次执行该分段任务时会尝试通过对应的断点记录文件恢复任务。 --jobs -j 否 同步上传文件夹时批量任务的最大并发数，默认为配置文件中的defaultJobs。**说明：**工具会保证该值至少为1。 同步文件夹时该参数可选。 --exclude
添加分类标签 为了方便分类查看创建的应用和流程，您可以使用分类标签功能，筛选呈现带有相同标签的应用或流程。 在“工具”页面左侧，单击图标新建分类标签。 在添加分类标签弹窗中，输入“名称”，勾选需要呈现的标签名称。最多可以勾选5个标签。 图1 添加分类标签 勾选完成后单击“确定”。
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件，启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
新建应用 详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法，请参考创建应用样例章节。 单击“新建应用”，进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息，包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。
--parallel -p 否 上传文件时，每个分段上传任务数的最大并发数，默认为5。取值范围[1,10]。 --jobs -j 否 上传文件夹时，批量任务的最大并发数，默认为5。取值范围[1,10]。 --fr -R 否 上传对象时生成结果清单文件。 --arcDir -g 否 上传文件
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