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基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh 安装Anaconda。 执行如下命令。 wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在医疗智能体平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
形成自定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理 数据管理常用操作 命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程
单击按钮，进入参数设置页面，可查看修改参数。 名称：应用的原始名称。 版本：应用版本。 显示名称：应用在流程中的显示名称，可修改。 镜像启动命令：镜像启动的命令。可在右上角放大查看，在右下角下拉查看。 源项目：显示应用隶属的项目。 输入参数：由用户在创建应用时定义。 输出路径：输出数据的存放路径，可修改。
下载数据操作会产生流量费用，计费方式为按需计费，计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据”页面下载数据至本地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 展开数据文件夹，选择待下载的数据。 单击“操作”列“下载”。 单击鼠标右键，选择“链接另存为”，下载数据。 图6 下载数据
ok:cuda11.0-custom-v1.0.8 在基础镜像中，为您内置了CUDA11.0环境。使用CUDA11.0环境前，需要执行以下命令导入环境变量。 export PATH=$PATH:/usr/local/nvidia/bin export LD_LIBRARY_PAT
时等。 对于执行失败的作业，鼠标点击作业状态，在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。 作业相关信息 在详情页可以查看作业执行命令、配置参数、流程配置文件、执行日志、报告信息。 图1 作业相关信息 Tasks相关信息 在详情页可以查看每个Tasks的相关信息。单击每个
取值范围[5-255]，不能包含中文字符 最小长度：5 最大长度：255 commands 是 Array of strings docker启动时执行命令 取值范围[1-300]，单个命令长度取值范围[0-256]，不能包含中文字符 最小长度：0 最大长度：256 数组长度：1 - 300 resources
workflow_name String 流程名称 workflow_id String 流程id command_line String nextflow执行命令 params Array of NextflowParamsDto objects 作业参数列表 nextflow_parameters
项目开发者可在项目内执行完整的操作，如Notebook、流程管理等，但无项目分享等权限。 上传者 项目数据上传者，可通过EIHealth平台或命令行工具上传数据。无法执行流程和Notebook等操作。 观看者 项目查看人员仅具备项目查看权限，无项目操作权限。 表2 角色权限 成员角色
取值范围[5-255]，不能包含中文字符 最小长度：5 最大长度：255 commands 是 Array of strings docker启动时执行命令 取值范围[1-300]，单个命令长度取值范围[0-256]，不能包含中文字符 最小长度：0 最大长度：256 数组长度：1 - 300 resources
获取作业yaml模板。 在“项目管理 > 作业”页签中，单击“上传作业”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get job -s命令获取创建作业的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。
状态码： 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String task id command String task执行命令 status String task状态 error_action String task失败后的策略 exit Integer task退出状态码
labels Array of strings 应用标签 image String 应用镜像 commands Array of strings 应用命令 resources ResourceDto object 应用申请资源 inputs Array of AppInputParameterDto
String 应用描述 app_image String 应用镜像 app_commands Array of strings 任务使用到的应用自带的命令信息 app_input_parameters Array of AppInputParameterDto objects 任务使用到的应用自带的输入参数信息
String 应用描述 app_image String 应用镜像 app_commands Array of strings 任务使用到的应用自带的命令信息 app_input_parameters Array of AppInputParameterDto objects 任务使用到的应用自带的输入参数信息
String 应用描述 app_image String 应用镜像 app_commands Array of strings 任务使用到的应用自带的命令信息 app_input_parameters Array of AppInputParameterDto objects 任务使用到的应用自带的输入参数信息
eihealth.01050015 The app's command field contains high-risk command. 请检查应用的命令字段。 400 eihealth.01050016 The currently used asset {0} status is not available
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