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&& ./configure --prefix=/usr/local/samtools && make && make install 按Esc键,并执行:wq保存并退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10
用户指南(盘古辅助制药) 欢迎使用盘古辅助制药平台 关键概念 准备工作 配额管理 系统设置 项目管理 功能模块 AI模型 自定义数据库 数据管理 作业管理 收藏夹 相关参数
1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。 图2 复制数据 引用数据 引用数据可以引用其他项目中或对应的obs桶的数据。引用的数据不能在
task-4-qvina-w:分子对接。 task-5-docking summary:汇总分子对接结果。 图3 数据路径和流程图 图4 设置数据库 设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,单击图标,允许取消、强制停止或删除。 对于“已取消”、“运行失败
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 image_id 是 String 镜像id 最小长度:1 最大长度:128 project_id
-o 否 输出路径。不指定时,以当前项目的根目录为工作路径。 --timeout -t 否 超时时间。运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟。 --labels -l 否 标签。多个标签使用;符号分隔开。 --project 无 否 指定
图4 拖拽应用 设置输入、输出关系。 fastp的两个输出参数fq-file1和fq-file2是bwa-mem算法的输入参数,bwa-mem的sorted-bam参数是bamqc与picard-insertsize输入参数,参考图进行连接。 图5 设置输入、输出关系 若想修
使用URL方式将公网http/https/ftp链接的数据或者OBS中的数据导入。 单击数据中心右上角“URL导入”。 单击“添加URL”,填写URL地址。 选择需要导入数据的文件夹。 单击“确定”,导入数据。 图5 使用URL导入 父主题: 数据管理
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为用户私有数据中心为项目路径,为公共数据场景时为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6
选择IAM用户登录,填写账号名、IAM用户名、密码,登录平台。 账号名:与管理员(购买平台的账户)的账号名一致。 IAM用户名、密码:创建子用户时设置的用户名和密码。 图2 IAM用户登录界面 父主题: 用户管理
单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程文件后的“下载”,可下载该流程文件。 下载流程参数 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程参数后的“下载”,可下载该流程设置的参数文件。 图1 下载流程文件/参数 父主题: Nextflow
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
单击“新建应用”,创建fastqc应用。 图3 设置镜像名称、版本等信息 镜像启动命令如下所示。镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号{}扩起,以$符号进行引用。 fastqc -f fastq -o ${output-dir} ${input-file} 图4 设置CPU、内存、输入输出参数
、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格;首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。 单击“提交”。 提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。 图1 设置靶点口袋发现文件 查看靶点口袋发现结果。 单击作业名称,在输出结果页面,可以
数据库文件来源。 枚举值: public private url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id String 数据库文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。
使用URL方式将公网http/https/ftp链接的数据或者OBS中的数据导入。 单击“添加数据”,类型选择“URL”。 单击“添加URL”,填写URL地址。 选择需要导入数据的文件夹。 单击“确定”,导入数据。 图5 使用url导入数据 父主题: 数据管理
式(此时Cell中有光标,可以进行代码编写)。在命令模式下,按下“Enter”键或者鼠标单击代码框可以进入编辑模式。在编辑模式下,按下“ESC”键或者鼠标单击代码框左侧区域即可进入命令模式。 删除文件或文件夹 如果需要在Notebook中删除文件或文件夹,您可以在“Files”列
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1