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NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅地提高了测序速度，有力推动了相关研究。目前，NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。
通过设置邮箱，发送平台的通知。设置邮箱功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”，设置邮件配置。 服务器地址：邮箱开通SMTP功能时的服务器地址，不同邮箱开通SMTP方式不同，请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址：填写邮箱地址，用于发送EIHealth平台的消息通知。
参考。 启动作业时，如果包含不存在的计算节点标签，回显类似下图，请先添加计算节点标签。 计算节点标签添加方法：在平台右上角单击用户名，选择“系统资源 > 计算资源”，在计算节点的操作列单击“更多 > 标签管理”，添加标签。上图示例中需要添加的标签名称为labelsss1。 使用本地已填写好的作业模板job
请不要使用无痕浏览器访问。 返回平台操作界面，在Notebook列表中，选择已经创建的Notebook，单击“操作”列的“打开”，进入Notebook开发页面。 图1 Notebook开发页面 选择不同的AI引擎新建文件 打开Notebook实例后，进入Notebook开发页面，在“File”页签下，单击文件夹名称进入子级。
选择需要引用的项目以及项目中的应用，选择应用的版本。“导入应用名称”是选填项，可以使用原有名称，或自定义。 图2 导入应用 单击“确定”，导入应用，导入过程中可以查看每个应用的导入状态。 父主题： 工具管理
选择CPU、GPU类型和大小，选择内存大小，内存单位为GB。 CPU架构依赖于制作镜像过程中选择的系统类型，以及制作镜像时所需的生物信息学软件支持在X86还是ARM上运行。例如，GATK是基于X86指令集开发的生信软件，使用CentOS的X86系统创建GATK镜像，则在创建应用时选择“X86”。
中订阅该镜像。 登录医疗智能体，进入基因平台。 在“资产市场”中查找“autogenome”镜像。 单击界面右侧“订阅”图标，订阅该镜像。 订阅的镜像将显示在“项目管理 > 镜像”页面的镜像列表中。 步骤2：创建Notebook 在“项目管理 > 开发”页面，单击“创建Notebook”，参考表
successfully! add log-path successfully! 清空配置请执行health config clear命令 在Notebook中使用命令行工具 在EIHealth开发环境Notebook中使用命令行工具时，请依据以下步骤配置代理。 打开Notebook，并选择Term
隔符为制表符，创建数据库时，分隔符填写为“\t”，有效数据从第2行开始，跳过文件行数填写为1。 在本地编写.csv、.txt、.vcf文件时，文件编码格式使用UTF-8。 为保证查询性能，建议数据库行数小于500万行，若超过该量级，建议拆分数据库。 导入数据文件大小建议小于1GB。
-toolkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询，创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。 镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询，复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。 process
否 限制量，单次查询总量，必须由数字组成，默认为10，取值范围[0,1000]，获取数据作业列表时生效。 --offset -o 否 偏移量，查询起始偏移，必须由数字组成，默认为0，取值范围[0,100000000]，获取数据作业列表时生效。 --log -g 否 在界面显示数据作
参数类型 描述 limit 否 Integer 限制量，单次查询总量，必须由数字组成，默认为100，取值范围[1,1000]。 最小值：1 最大值：1000 缺省值：100 offset 否 Integer 偏移量，查询起始偏移，必须由数字组成，默认为0，取值范围[0,100000000]。
参数类型 描述 limit 否 Integer 限制量，单次查询总量，必须由数字组成，默认为100，取值范围[1,1000]。 最小值：1 最大值：1000 缺省值：100 offset 否 Integer 偏移量，查询起始偏移，必须由数字组成，默认为0，取值范围[0,100000000]。
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待恢复下载任务结果清单文件的任务号。 任务号（TaskId）可在每次下载任务运行完毕后获取，或者通过结果清单文件名查询（文件名除去后缀.txt后的后36位）。 待恢复的下载任务会从结果清单的文件夹中查找，结果清单文件夹的路径参考附加参数--o。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealt
允许为空 主键所包含的列不允许设置为空。当数据库中某些数据允许没有值时，可设置为空。 是否可查询 依据模板中定义的列信息，给出数据库中可进行查询的数据，可查询至多设置10个。 描述 当参数设置为可查询时，可以添加描述信息。 是否唯一 对数据表中的一个或多个数据设置唯一约束，保证该数据与
终端节点 终端节点（Endpoint）即调用API的请求地址，不同服务不同区域的终端节点不同，您可以从地区和终端节点中查询服务的终端节点。 医疗智能体平台的终端节点如表1所示，药物设计、临床研究的终端节点如表2所示，请您根据业务需要选择对应区域的终端节点。 表1 终端节点（医疗智能体平台API）
使用health get job命令获取该项目下所有的作业信息。 查询NGS作业对应的job-id，使用health get job job-id命令获取NGS作业的信息。使用health get workflow命令查询NGS作业对应的workflow-id。获取到的作业信息如图1所示。
缺省值：desc limit 否 Integer 限制量，单次查询总量，必须由数字组成，默认为100，取值范围[1,1000]。 最小值：1 最大值：1000 缺省值：100 offset 否 Integer 偏移量，查询起始偏移，必须由数字组成，默认为0，取值范围[0,100000000]。
参数类型 描述 limit 否 Integer 限制量，单次查询总量，必须由数字组成，默认为100，取值范围[1,1000]。 最小值：1 最大值：1000 缺省值：100 offset 否 Integer 偏移量，查询起始偏移，必须由数字组成，默认为0，取值范围[0,100000000]。
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