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的定制并行执行的样本数目，大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。 医疗智能体（EIHealth）平台集成了Nextflow框架，支持用户直接在医疗智能体（EIHealth）平台安装Nextflow。 父主题： Nextflow
在EIHealth平台，创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出，对于由多个应用搭建出来的流程，命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系，完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程，创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据，需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。
虚拟药物筛选简介 虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果，生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象，用于可视化展示。
功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台上线 基于华为云AI和大数据技术优势，为基因组分析、药物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。平台提供大量相关模型、算法及数据资源，是一站式的医疗研发平台。 商用 产品介绍 用户指南
上传文件夹时，只上传该文件夹下的所有内容，上传文件夹时可选。 --update -u 否 增量上传操作，设置该参数后上传每个文件时会比对平台数据路径中的文件，仅在以下情况时上传数据： 文件不存在。 待上传文件大小不与平台文件大小一致。 文件的最后修改时间不一致。 --parallel -p 否 上传文件时，每个分段上
方式1：使用预置的NGS流程 使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1：订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程，以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2：订阅数据 若您
能只支持专业版。 绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源，购买步骤参考购买资源，绑定具体操作如下： 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。 单击“绑定”进入绑定界面，选择要绑定的CSS集群名称、填写管理员账户名和管理员密码。
用户每次恢复归档数据，按照流量收取费用。 用户的归档存储类型的归档数据不足90天删除，需收取相应费用，费用参照OBS存储费用。 用户可将归档数据恢复到项目桶，恢复到项目桶后，平台不会进行删除（恢复到项目桶中的数据会正常收取标准存储的费用）。 在归档管理页面，可以在“归档天数”列查看已归档天数（从归档复制完成时间开始
标签管理 在平台右上角用户名中选择“标签管理”。 系统标签用于设置作业分类，可以在系统标签管理中添加、删除标签。 添加标签 在“标签管理”页面，单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中，输入标签名称、标签描述。 标签名称长度为1~32，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。
除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务，您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时，平台针对该类任务支持您在“数据中心 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面，支持通过作业类型、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。
自定义数据库 盘古辅助制药平台支持用户自定义数据库，可以上传自己的数据构建自己的数据库，进行后续的分子搜索。构建自定义数据库需要先购买CSS资源和绑定CSS资源，详情见资源中心 自定义数据库 返回主页，单击“自定义数据库”进入界面，单击页面左上角的“创建数据库”，并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。
若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。 在平台侧需要解绑并重新绑定。 CSS资源到期。 在云搜索服务的集群管理列表页，找到需要续订的计费模式为“包年/包月”的集群。 单击操作列的“更多
下载数据 使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地，此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中，受网络影响可能出现损坏，下载命令默认会在下载完成后，验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性，以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。
创建项目 您可以创建一个新的项目。 在平台左上角单击项目名称，选择“创建新项目”。 图1 创建新项目 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称。取值范围3~45个字符，包含数字、小写字母、下划线、中划线，且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后，不支持修改名称。
使用docker push命令将镜像上传至EIHealth平台。 # –t APP 可不加，在平台上也可以对其进行设置 health docker push user-tutorials/fastqc:latest –t APP 上传成功后，可以转至平台查看已经上传的镜像。 步骤3：创建fastqc应用
能对结果进行收藏，以下以分子对接模块为例，其他模块的收藏操作可在相应模块的介绍中查阅，请参考功能模块。 登录盘古辅助制药平台。 单击“进入平台”，进入药物平台操作页面。 单击“功能模块 > 苗头化合物发现 > 分子对接模块”，进入分子对接配置页面。 根据分子对接章节完成参数配置。
表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --domain-name -d 是 与管理员（购买平台的账户）的账号名一致。 --user-name -u 是 子用户的用户名。 管理员（购买平台的账户）登录时，user-name和domain-name一致。 --password -w
引用OBS类型数据时，如果数据在OBS中的存储类型为“归档存储”，则将该数据引用过来后，该数据不能用于创建作业，并不可下载。 平台系统管理员在自己的所有者、管理员、操作者项目可以引用OBS类型数据。平台系统管理员在自己的所有者、管理员、操作者项目可以解除引用OBS类型数据。其他角色的用户仅能使用引用进来的OBS类型数据。
通过“数据”页面上传数据，支持上传最大为1GB的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具（eihealth-toolkit）配套EIHealth平台，提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用，支持上传最大为48.8TB的单个文件。 父主题： Notebook
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