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EIHealth作业管理命令 作业配置文件说明 启动作业 查询作业详情 删除指定作业 重试作业 取消作业 导出作业 获取任务实例
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1
OBS桶管理 获取用户OBS桶列表 获取用户OBS桶内对象 文件下载 父主题: 数据管理
v0.11.5 方法2:通过Dockerfile制作FastQC镜像。 执行vi Dockerfile命令,进入Dockerfile文件中,编写文件。 FROM ubuntu:16.04 # FastQC依赖java运行,需安装java环境。安装执行下载、解压缩的软件包 RUN apt-get
\t),导入数据到数据库时此参数必填。 --files -f 否 导入文件列表,多个文件用分号(;)分隔,导入数据到数据库时此参数必填。 --current-project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth
最小长度:3 最大长度:32 relative_path 是 String 生成数据库实例的文件相对路径 最小长度:0 最大长度:1024 output_file_type 是 String 生成数据库实例的文件类型。枚举值:csv、txt、vcf 枚举值: txt vcf csv 响应参数
药物数据库管理 创建数据库 获取数据库列表 删除数据库 更新药物数据库 数据库追加文件 父主题: API(盘古辅助制药平台)
通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。
PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。
获取流程模板,模板为yaml格式。 --downloadPath -d 否 获取workflow详情时,将内容下载到的指定文件夹路径(文件夹需要存在)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --label -l 否 根据label标签搜索workflow 命令示例 本节
杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\ : ; * ? < " > | 。其中单个文件夹名称不能以中划线(-)开头,不能以英文句号(.)或斜杠(/)或空格开头或结尾 最小长度:0 最大长度:128 tasks 否 Array
PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。
String 模型数据文件来源。 枚举值: public private url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id String 模型文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。
杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\ : ; * ? < " > | 。其中单个文件夹名称不能以中划线(-)开头,不能以英文句号(.)或斜杠(/)或空格开头或结尾 最小长度:0 最大长度:128 tasks 否 Array
参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
描述:根据需要填写。 输出路径:可选择“数据库表”和“自定义”。选择“自定义”时,存放输出结果的路径,格式以/开头。例如项目中的output文件夹,输出路径可设置为/output。不填写路径时,默认以“作业名-UUID”格式生成输出路径。 优先级:运行优先级,分为0~9级,优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。
表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业ID -- params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径 命令示例 health nextflow retry job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1